一九四一年十二月、日米開戦劈頭、連合艦隊は司令長官山本五十六の畢生の大博打によってハワイ作戦を実施した。空母六隻による航空機攻撃によって、北太平洋艦隊はほぼ壊滅。真珠湾奇襲は成功をおさめる。だが、山本は戦いの前途を憂慮していた。緒戦の戦果は束の間、いずれ激しい消耗戦となってしまうのは畢竟。彼我の兵力差を埋めなければ勝利は覚束ないのだ。翌年五月、サンゴ海で史上初の空母同士の海戦が生起する。機動部隊は米空母レキシントンを撃沈するも、味方も翔鶴が大破炎上、作戦は失敗するかと思われた。だが、そのとき断末魔の翔鶴の傍らに現れたのは、なんと無傷の翔鶴だった!もしも沈んだ艦船の予備がもたらされるなら、日米の戦力は対等になるが…。謎の援助によって力を得た日本は、次なる作戦・ミッドウェイ攻略へ向けて動き出す。果たして連合艦隊は実史での大敗戦を覆すことができるのか。

日米開戦劈頭、連合艦隊は真珠湾奇襲に成功。さらに翌年五月にはサンゴ海において史上初の空母同士の決戦を制した。未来からの強力な援助によって戦力的に優位に立った日本の進撃はとどまるところを知らなかった。翌六月、史上空前の大艦隊を率いた司令長官山本五十六は、ミッドウェイを攻略。間髪を容れずオアフ島に襲いかかり、ついに米太平洋艦隊司令部に白旗を揚げさせたのだ。オアフを奪われ、進退きわまったアメリカだが、救いの手は彼の方にも現れた。それは、史実よりも早いアイオワ級戦艦とエセックス級空母の投入だった。復活した太平洋艦隊がオアフ奪還に動き出したことを察知した日本は、再び大艦隊を出撃させる。だが、ハワイを巡る駆け引きの裏には日本本土戦略爆撃を目論む米側の策謀が…。敵の狙いはサイパン。新たな戦場に乗り出した両軍を驚愕の変革が待ち受ける。

未来から過剰な介入を受けたあおりで、次元に歪みが生じた太平洋戦線は振り出しに戻り、日米は再び真珠湾奇襲の時点から戦いを始めることになってしまった。だが日本機動部隊は、ハワイ、インド洋、サンゴ海と、繰り返される歴史を快進撃。さらに五隻の正規空母で臨んだ再ミッドウェイ海戦では、エンタープライズとワスプ撃沈、ヨークタウンとホーネット大破と、米太平洋艦隊に壊滅的打撃を与えることに成功する。一九四二年七月、日本陸海軍はFS作戦の前進基地としてガダルカナル島に上陸。だが、何としてもこれを阻止しなければならない米軍の前に現われたのは、またしても未来からの救いの手だった。エセックス級空母四隻と、アイオワ級戦艦二隻を投入された大艦隊は、新型艦戦F6FとVT信管を装備して出撃。待ち受ける大和、武蔵以下の連合艦隊との間に、総力を挙げた血みどろの海戦が始まった。