さあ、地図をつくろう。ボクらの世界を取り戻すために——。

ボクたちが生き延びるには『地図』が必要だ。安全な場所が記され、『ミサキ』と呼ばれる怪物たちの居場所が分かる道標が。
〈学園〉で目覚めたボクは、今日も仲間たちと探索に出かける。未開の地を調べ、ミサキを倒し、ポイントを稼いで〈学園〉に貢献する。これがボクらの毎日。
地平線上の巨大な建造物〈ミハシラ〉に焦がれるボクは、ある時、世界への違和感を訴える女の子と出会い……。

　〈学園〉を脱出したボクとヤヒロは、ミハシラを目指し、無人の街を進んでいた。しかし、進むにつれて凶暴さを増すミサキの出現や、物資の消耗に２人だけでの探索へ限界を感じ始める。
　そんな中、旧い前線基地の〈工場〉が近いと知り、補給のためにかつて〈学園〉が放棄したその施設へと向かうことに。そこで待ち受けていたのは、別拠点〈教会〉の遠征隊のメンバー、ツクシだった。
　たった一人で〈工場〉に立てこもるツクシに、敵対心を露わにするヤヒロ。他の探索メンバーの有無や、一人で見張りに立つツクシに不信感を持ったボクは、一計を案じ──。

　地図と周囲の風景が違う？　探索を続け町を進行するタイキとヤヒロは、世界への違和感を強くしながらも、高層ビルの立ち並ぶ繁華街へとたどり着く。無数の落書きに迎えられ、どうやらここは２つの勢力が縄張り争いをする、戦場の真っただ中のようだ。
〈天文館〉と〈果樹園〉という二つの部隊は戦闘を繰り広げ、究極の〈秘宝〉を探し求めているらしい。そんな中で、双方に和解を呼びかける勢力、〈灯台〉に所属する陽羽里クイナと出会う。
　目指す〈ミハシラ〉へは繁華街を通過しなければならず、タイキは両陣営とクイナを前に選択を迫られ──。