科学と魔術が混在する世界。
　ここは、超能力をカリキュラムとする科学サイド最高峰の学園都市。人口の8割が学生というこの街で、ついに、あらゆる住人がウキウキソワソワする季節がやってきた！
　クリスマス・イヴである。
　街並みからして楽しげな喧噪を見せる中、平凡な落ちこぼれ少年・上条当麻もこのイベントに乗り遅れまいと！　補習に勤しんでいた……。
　デフォルトの不幸体質野郎を尻目に、彼の寮に居候する銀髪シスター・インデックスはいつもと違う心躍る光景に、新たな食いしん坊スキルを発動!?　それを必死で止めようとする上条の前には、イヴの空気にやられた御坂美琴まで現れて、『創約』編は賑やかに開幕する!!

　気づけば上条当麻は病院にいた。 魔術結社『薔薇十字』アンナ＝シュプレンゲルと口づけを交わしたところまでは記憶があるのだが……。
　しかし待って欲しい。
　思春期まっただ中の健康な男子高校生、上条当麻が謎の美女とファーストキス――。
　時は経て現在。彼が担ぎ込まれた病院には御坂美琴やインデックス、そして別行動の蜂蜜色の少女までやってきていた！　科学と魔術が交差する恐怖の糾弾大会が始まる――と思いきや、なぜか美少女たちによる看護ラッシュに移行して!?
　アンナの思惑を察知した美琴と食蜂。犬猿の二人は同じ目的のために手を組んだ。ここに最強の超能力者（レベル５）コンビが誕生する!!

　愛しのお姉様・御坂美琴と二人っきりで過ごす魅惑のクリスマスが、ついにこの手に……！　と期待していた白井黒子だったが、気づけばなぜか彼女の隣には頭髪バーコードでメガネ装備の『警備員』のおじさんが……!?　
　聖なる夜、『風紀委員』の黒子に課されたのはオペレーションネーム・ハンドカフス、学園都市の『暗部』を全て潰す計画だった。そのリストの中には、浜面仕上や滝壺理后の名も含まれており……。追う者と追われる者、双方が生き残るために否応なく激突する中、ふとどちらもが感じた。……この計画は、何かが妙だと。
　事態打破の鍵となるのは『学園都市最大の禁忌』という謎のフレーズで――！