──『11月13日より、我々反学園都市サイエンスガーディアン二七社は東欧のバゲージシティにおいて、格闘大会 「ナチュラルセレクター」 を開催します』──　そのアナウンスが始まりだった。第三次世界大戦を契機とし、反学園都市勢力は各地で様々な抵抗運動を模索していた。この 『ナチュラルセレクター』 では、トーナメント制の異種格闘大会を通じ、『超能力を凌駕する 「異能」 を証明する』 こと目的としていた。それは、学園都市のアイデンティティを根本から破壊することに他ならない。魔術と科学の融合組織 『グレムリン』 の手を借り、その策謀は進む。そして。学園都市はそれを許さない。これは、たった三人の 『木原』 と、たった三人の 『グレムリン』。それだけでは済まない、最悪の騒乱。

11月。超巨大文化祭 『一端覧祭』 の季節がやってきた。そんなさなかに、ようやく学園都市に戻ってきた上条当麻。ロシアより勃発した第三次世界大戦を起因とする 『対グレムリン遠征』 を経て、ついにインデックスや御坂美琴とのほのぼのした平穏な日常が戻ってきた──。そう楽観していた上条当麻だが、意外な人物の登場で、その願いは虚しく霧散することに!?　彼の前に現れた最強の 『敵』 とは？　セルフ迷子メーカーなフレメアの保護者となって学園都市内を走り回る浜面や、打ち止めの子守りでキレる平常運転な一方通行、リハビリついでに手料理を作る麦野沈利などなど…… 学園都市を舞台として、『新約』 シリーズは新展開に突入！

『一端覧祭』 本番を迎えた学園都市。　楽しげな人々の喧騒と賑やかな雑踏の音が響く。　同じ頃、街の裏側で起きている 『事件』 も始まった。　アレイスターの本拠 『窓の無いビル』 から彷徨い出た 『不死の少女』 フロイラインを巡り、怪物達が集結する。　魔術と科学の混成組織 『グレムリン』 からは、霊装製造者マリアンと雷神トール。　魔術サイドからは、『聖人』 ブリュンヒルドとシルビア。　学園都市からは、『超能力者』 一方通行、麦野沈利、そして御坂美琴。さらに、もはや 『ヒト』 の枠を超えた垣根提督。　あらゆる“最強”が同時多発決戦を起こし、怪物達が巻き起こす嵐は 『一端覧祭』 開催中の学園都市を包み込む。　その中で。重傷を負った“最弱”上条当麻が、フロイラインを追って走る──！