念願の公務員に採用され、京都市役所で働くことになった火乃宮祈理（ひのみやいのり）。入庁式を終えて彼女が配属されたのは、通称・陰陽課。京都の町には人間に紛れて暮らす妖怪がたくさんいて、そこは市民である彼らの生活を守る部署だというのだ。　混乱する祈理の教育係についたのは、白銀の髪に赤いシャツでガラの悪い、公認陰陽師の五行（ごぎょう）主任。妖怪の次は陰陽師……？と、訝しむ祈理は、陰陽師らしからぬ風貌の五行と、町を治める鬼や狐の親分との顔合わせに向かうことになるのだが……。　チンピラ陰陽師×マジメ女子の凸凹コンビによる、不思議な公務員生活が始まります。

念願の公務員に採用され、京都市役所で働き始めた新米公務員の火乃宮祈理。彼女の務める『陰陽課』は、京都の町で人間に紛れて暮らす妖怪たち『異人さん』の生活を守る部署だった。そんな祈理の上司は、銀髪、赤シャツ、白ネクタイの、どう見てもチンピラな公認陰陽師の五行主任。凸凹コンビは今日も京都の町を駆け巡る。御苑の森に異人さんが現れたかと思えば、祈理に勝負を挑む陰陽師がやって来て、五山の送り火の夜には怪鳥が京都の空を飛び回る！　しかも更なる問題が勃発し、町を治める鬼と狐と天狗の惣領たちまで集まってきて……!?

秋の足音が聞こえる京都。市民に紛れて暮らす妖怪「異人さん」の働く病院を訪れた、京都市役所『陰陽課』に勤める祈理と春明。異人さんへの事務手続きを終えた二人は、帰りがけに車椅子の老女、高邑八重とすれ違う。どうやら春明は若いころに八重と知り合いだったようで、過去のことは詮索されたくない様子。しかし、八重と出会った後、春明の態度に変化が現れる。平安時代から千年の時を生きてきた式神の春明。これまでにあったであろう、多くの出会いと別れに想いを寄せ、祈理は主として、そして陰陽課の同僚として何か力になりたいと思うのだが……。