誰よりも大切な姉であるミハヤを失った少年、クロエは、途方に暮れながら、姉の面影を求めて墓参りに日参する。
そんな場所で出会った墓守の少女、シャナンと不思議な友人関係を築くことにより、ミハヤを失った悲しみを少しずつ癒やしていく。
やがてミハヤを殺した仇と遭遇して、彼は全てを賭けた戦いに挑むことになる。
同じ寂しさを抱えた少年少女が、少しずつ前へと進んでいくお話です。

新米墓守としての勉強を続けながらシャナンと共同生活をするクロエは、とあるきっかけで彼女の秘密に気付いてしまい、気まずくなってしまう。仲直りをしたいと思うのだが、どうにも上手くいかない。しかしルカのアドバイスもあり、ひとまず仲直りには成功する。そして初めてのパトロール任務に出かけるのだが、その際に油断してしまい、シャナンに大怪我をさせてしまう。自分の未熟さで大切な友達を傷付けてしまったクロエは、彼女を傷付けると覚悟した上で、踏み込むことを決意する。

クロエへの気持ちに気付いてしまったシャナンは、戸惑いながらも日々を過ごす。
そんな中、死んだ筈の兄であるユーリカが彼女の前に現れる。しかし彼の人格は別の存在に支配されており、シャナンが望んだ再会とは違ったものになってしまう。
そしてユーリカは彼女に墓守をやめて自分の所へ戻るように要求する。その為に邪魔だと判断したクロエを排除しようとする。
クロエは彼女を守る為、そして自分の力を試す為にその戦いに身を投じる。
恋に友情にバトルありの刻印術師シリーズ第三弾！