三体の神が神理（しんり）と呼ばれる法則を作り出した世界、天下界（てんげかい）。そこで人々は三つの神理のいずれかを信仰し強大な力を得ていた。
しかし唯一の無信仰者である神愛（かみあ）は違った。神律学園に入学するも無信仰者の神愛と信仰者たちで喧嘩になってしまう。神化（しんか）と呼ばれる特殊な力を持つ信仰者に神愛は押されてしまうが、そこへ神愛を主と呼ぶ少女ミルフィアが現れて――。

なぜ神愛だけ無信仰者なのか。ミルフィアはなぜ彼に従うのか。
そこには神愛に隠された重大な真実があったーー

信仰者が支配する天下界で行われる神代異能バトル、開幕！