女教師しか愛せない性癖を持っている大学生の片瀬くん。ある日、ドアに貼ってあった暗号で悩んでいると、大好きな二宮先生から「あの先生」に相談してみようとアドバイスされる。

「あの先生」とは、暗号解読の専門家である安堂先生、通称・暗号先生。だらしない姿に「こんな女教師は嫌だ」と思う片瀬くんだが、彼女は暗号を解読する時だけは誰よりもキラキラ・イキイキしている。

しかも危機一髪の瞬間、ナイフを持った相手を一撃で倒してしまう、とんでもない実力者でもあった…！

片瀬くんはそんな暗号先生のティーチング・アシスタントになり、一緒に暗号を解読しながら様々な事件を解決していく。（ただ、謎が解けた瞬間の先生のテンションにはなかなかついていけない）

ある日、遺言書の暗号を解読てほしいという依頼を受け、内田家を訪ねた暗号先生と片瀬くん。遺産相続に伴うトラブルに巻き込まれてしまった暗号先生の運命は…！？