魔法が世界を満たし、大空に浮かぶ【天空母島（アーク）】が人々の新たな大地となって幾年。新設学園に魔導教官として赴任した《英雄》竜城零人は、そこで勝利への意志を持ちながらも才能を燻らせる3人の少女と出会い、彼女たちを魔導の祭典【大魔決戦祭（レガリアマギカ）】の頂点へ導くことを決意する――。《最強》が少女たちを覇者へと導く、育成＆バトルファンタジー、開幕!!

教え子である紗奈美たち3人の更なるレベルアップのために零人が用意した相手とは、またしても強敵である、世界を統べる5大コミュニオンの1つ《聖十字天教会》の騎士団《枢機卿聖騎士団》だった!! 一方、父・ザルツァの遺産を捜すジークリンデは学園内で襲撃を受けていて――運命の星が集い、大きく輝き始める育成＆バトルファンタジー絶好調の第2巻!!

ジークリンデもチームに本格加入し、あと一人集めれば大魔決戦祭へ出場できる紗奈美たち。零人は、チームの最後のメンバーとして目を付けていたアンネッタを勧誘に行くも、「キミがいるから戦祭演武者にはならない」と露骨に避けられてしまう。どうやら、二人の間には過去に因縁があるらしく――絶好調育成＆バトルファンタジー"運命の星"が集う第三巻!!

アンネッタがチームに加入したことにより、大魔決戦祭の予選、統一予選会＜スートディビジョン＞への出場資格を得た紗奈美たち新星魔導騎士団。破竹の勢いで予選を勝ち抜き決勝へと駒を進める彼女たちだが、準決勝でイルマだけ撃破されてしまう。イルマは自分がチームの穴であると思い詰めてしまう中、統一予選会決勝に爆破予告が届き――。

レガリアマギカへの登壇権を争う四臣戦。予選を勝ち残ってその一枠に収まり、また一歩頂点へと近づいた紗奈美たち新星魔導騎士団だが、その最初の相手・教導銃騎士大隊との戦いにおいて、エリサは己の過去を知る因縁の相手と対峙することに。一方零人は、戦いに積極的ではない特異な使徒座との邂逅を果たし、使徒座の真の目的へと迫る――。