地球の法則は意味を成さず、魔物達が跋扈する『ダンジョン』が世界各地に発生してから数年。日本の社畜サラリーマンである水樹了介は、ド田舎の支店へと左遷させられた。しかし新たな職場は、突如発生したダンジョンに呑み込まれ崩壊していて!?　小さな好奇心から足を踏み入れた水樹は、ゴブリンに捕まり丸焼き寸前の妖精娘・ケシーと出会う。ケシーを命からがら助けた水樹は二人でダンジョンを探索し、無事脱出に成功する。更に、チートスキルさえもカード化して自在に能力を発揮できるスキル『スキルブック』を手に入れた水樹は、ケシーと共に自由な同棲（？）生活をスタート！
しかし、謎の壊れスキルを持つ水樹の存在は徐々に知れ渡ることに。そして水樹は、ダンジョンでしか手に入らないレアアイテムを求める実業家・堀ノ宮の依頼によって、再びダンジョンへと挑むことになる――！
元社畜冒険者の現代ダンジョン攻略譚、堂々開幕！

死闘の末、ボス・オーガに勝利した元社畜の冒険者・水樹了介。すっかり現代日本にも慣れた様子の妖精娘・ケシーと共に過ごしていたある日、水樹の元に大守市役所の多智花真木がやってきた。
市内にダンジョンが発生したことを受け、急遽新設されたダンジョン管理課。そこに配属となった彼女は水樹に、オオモリ・ダンジョンを管理するためにペアを組んで欲しいと申し出る。
しぶしぶながらも了承した水樹は、キャロルも交えて謎多きスキル『スキルブック』の調査を再開。
多智花もダンジョン内でステータス化し『魅了』スキルを手に入れ、道中ではスライムによる奇襲を受けるも難なく撃破。ダンジョン攻略は順調に進んでいく。だがその裏では、ダンジョンを巡って国家そのものを転覆しかねない陰謀が動き出しており……？
水樹とケシーに最大の危機が迫る時、『スキルブック』の真の姿が明らかになる――！

ダンジョン統合実動検査演習での騒乱により、図らずも一躍時の人となってしまった元社畜の冒険者・水樹了介。そんな水樹が取った次の行動は、壊れスキルを活かし、冒険者ビジネスを立ち上げること。キャロルと共にイギリス政府へ手を組む提案を行った水樹は、ある条件を提示される。
オオモリ・ダンジョンに置き去りにされたチートスキル――暗号名（コードネーム）『エクスカリバー』を秘密裏に回収すること。水樹はそれを承諾。再びダンジョンへ潜ることとなる。
多智花の魅了スキルを応用することで『エクスカリバー』の位置を特定し、回収に向かう水樹たち。
だが、チートスキルを求めるのは水樹だけではなかった。上村敦美（うえむらあつみ）――水樹を大守市へと左遷した張本人が凄腕の冒険者と共にダンジョンに姿を現し、事態は混迷を極めていくことに。
そんな中、ついにたどり着いた『エクスカリバー』に異変が起き……世界は、そして水樹は、未曾有の危機に直面する――！