「えー、”来場者数ナンバーズ”の結果、あなたの指定数字は一等賞、見事ドンピシャです！　商品は『北イタリア五泊七日のペア旅行』、おめでとうございます!!」大覇星祭最終日。”不幸”であることしか自慢できない男・上条当麻が、なんと海外旅行のペアチケットを引き当てた。思いがけずやってきた幸運に、上条とインデックスのテンションは最高潮。そして舞台はアドリア海に浮かぶ『水の都』、ヴェネツィア本島へ！　憧れのイタリアンバカンスには、ドキドキ★ラブイベントもあったりして!?　上条当麻と幸運の女神が交差するとき、物語は始まる――！

九月三〇日――衣替えの季節がやってきた学園都市。 周囲の慌ただしさを余所に、エリートお嬢様学校・常盤台中学の超能力者、御坂美琴はコンサートホール前の広場にいた。 待ち合わせである。 けれど、「……、来ない」 罰ゲームを受けるはずの”あの少年”は一向に姿を見せない。美琴はため息混じりに薄っぺらい学生鞄とバイオリンのケースを抱えてアイツをずっと待っていたのだが――。 上条当麻と御坂美琴が交差するとき、罰ゲームを巡る学園コメディは始まる!?

学園都市に、ローマ正教『神の右席』の一人、『前方のヴェント』が侵入した。彼女が操る謎の魔術により都市機能は完全麻痺、大部分の人間は意識を奪われ倒れていった。 彼女の狙いは、上条当麻。 ローマ正教が公式に認めた敵。 同時刻。 最強の超能力者・一方通行が、彼を支える少女『打ち止め』を護るため、科学者・木原数多率いる武装集団『猟犬部隊』と激突した。 魔術と科学、二つの惨事が同時に学園都市を襲う。 上条当麻、インデックス、一方通行、打ち止め。四者四様の想いが交差するとき、物語は始まる――！

上条当麻と吹寄制理の世間話を発端に、クラス全員で鍋パーティ！　小萌先生は大困惑!?　――『鍋と肉と食欲の大戦術』。 舞台はロンドン。魔術師の少女たちが織りなす乱れた(？)一日とは？　――『イギリス清教の女子寮』。 学園都市暗部へと堕ちていった一方通行。そこで彼を待っていたのものは？　――『灰色の無味乾燥な路地』。 ビリビリ中学生に瓜二つなその容姿。彼女が学園都市にやってきた理由は？　――『酔っぱらった母親の事情』。 『禁書目録』本編を補完するSSシリーズ登場！

一〇月。 突然、世界中でローマ正教たちによる反科学デモが起き始めた。そのアンチ行動は、学園都市を筆頭とする『科学サイト』への糾弾に他ならない。 世界が混乱する中、『C文書』と呼ばれる霊装がこの事件の元凶だと知った上条は、土御門と共に『C文書』があるとされるフランスの観光都市アビニョンへと飛び立つ。アビニョン現地で、上条は天草式十字凄教徒の五和と再会、彼女を携え『C文書』捜索に乗り出す……そんな彼らの前に『神の右席』左方のテッラが立ちふさがる。 科学と魔術が交差するとき、上条当麻の物語は始まる――！