ニンジャスレイヤーを一度破ったザイバツの強敵イグゾーション。荒野セキバハラにて繰り広げられる再戦の結果やいかに!?　キョートに向かう武装新幹線ではゾンビーニンジャ・ジェノサイドと邂逅！　ネオサイタマの歓楽街では、女子高生ニンジャ・ヤモトがサイコ殺人事件に挑む！　そして、ニンジャスレイヤーに協力する謎のニンジャの登場……シルバーキーとは一体何者か!?　赤黒の死神は、止まらない！　ザイバツ・ニンジャ、滅すべし！【収録エピソード】「モータル・ニンジャ・レジスター」「ゲイシャ・カラテ・シンカンセン・アンド・ヘル」「クライ・ハヴォック・ベンド・ジ・エンド」「ライズ・オブ・アマクダリ」(初翻訳)「ウェイティング・フォー・マイ・ニンジャ」「デス・フロム・アバヴ・セキバハラ」

バズソー回転！　ゾンビーニンジャ、ジェノサイド！　マチェーテ奇襲！　ベトコンニンジャ、フォレスト・サワタリ！　チャドー暗殺拳！　赤黒の死神、ニンジャスレイヤー！　荒野で相見えた悪漢三忍の、油断ならぬ道行き。敵対するニンジャたちの一触即発の共同戦線!!【収録エピソード】「ブレードヤクザ・ヴェイカント・ヴェンジェンス」「ビヨンド・ザ・フスマ・オブ・サイレンス」「チューブド・マグロ・ライフサイクル」「フィジシャン、ヒール・ユアセルフ」「ナイト・エニグマティック・ナイト」「フェル・アスリープ・イン・ザ・ムービング・コフィン」(初翻訳)」「スリー・ダーティー・ニンジャボンド」

神秘的能力を持つニンジャ、シルバーキーを伴い、ネオサイタマへ帰還したニンジャスレイヤー。目指すは因縁の地、マルノウチ・スゴイタカイビル！　しかしその地へ向かうザイバツ・ニンジャは並の刺客ではなかった！　スゴイタカイ・ビルの地下には何が眠っているというのか？　ニンジャvsニンジャvsニンジャ…。入り乱れるニンジャの大乱戦!!【収録エピソード】「カース・オブ・エンシェント・カンジ・オア……」「システム・オブ・ハバツ・ストラグル」(初翻訳)「ディフュージョン・アキュミュレイション・リボーン・ディストラクション」「……ザ・シークレット・オブ・ダークニンジャ・ソウル」「アウェイクニング・イン・ジ・アビス」「シャドー・コン」

錆び付いた私立探偵、タカギ・ガンドー！　廃人寸前であった彼のもとに押し掛けてきた、助手志望の女、シキベ・タカコ。転がり込んだ、大口の依頼に、再起を賭ける私立探偵。しかし背後に見え隠れする巨大な陰謀の影。そして……ニンジャ！　タカギ・ガンドーの暗黒武道ピストルカラテが唸る!!【収録エピソード】「シージ・トゥ・ザ・スリーピング・ビューティー」「ウェン・ザ・サン・バーンズ・レッド」(初翻訳)「ガントレット・ウィズ・フューリー」「ガントレット・ウィズ・ミスフォーチュン」「ビガー・ケージズ、ロンガー・チェインズ」「リブート、レイヴン」「グランス・オブ・マザーカース #3」

残虐非道行為を繰り返すデスドレイン一味のひとり、ランペイジ。彼は自身の人生を破壊した暗黒メガコーポ、マグロアンドドラゴン社を復讐のため襲撃！　ランペイジは、ニンジャスレイヤーにとって殺すべきニンジャである。復讐者ニンジャスレイヤーに、ランペイジを咎める資格などあるのか？　だが、悩んでいる暇などない。賽は投げられた！　走れ！　 ニンジャスレイヤー！　走れ！【収録エピソード】「アット・ザ・レルム・オブ・ブラックウィッチ」(初翻訳)「ドゥームズデイ・ディヴァイス」「ミラーイメージ・オブ・デストラクション」「リターン・ザ・ギフト」「オペレイション・レスキュー」「トビゲリ・ヴァーサス・アムニジア」