一二月三一日。
　金欠不幸少年・上条当麻が、頼れるセンパイ雲川芹亜に誘われてバイトにやってきたのはなんと渋谷!?　
　しかも、アウェイの中のアウェイであるこの街で、『あの』アリスのお仲間と思しき超絶の魔女アラディアが襲いかかってきた。彼女の狙いは、上条の命そのもので――!!
　渋谷の喧噪、刹那の隙に、アラディアの右手が少年の体を破壊し、上条当麻の殺害は完了した……かに思えた瞬間、彼に手を差し伸べ窮地を救ったのは、ボロニイサキュバスと名乗る、すげえー格好のセクシーお姉さん!?　そんなお姉さんに手を引かれ、地獄の逃避行が始まる！

ハッピー・ニュー・イヤー！　大晦日も『不幸』だった上条当麻は心機一転、初詣に！　ただし、上条『殺害派』のアラディアさん（撃破＆手足拘束済み）も一緒です！
神話や宗教を一纏めにした第一二学区で屋台を堪能中、振袖姿の御坂美琴に食蜂操祈ら常盤台のお騒がせ女子達とも合流、みんなで神社で手を合わせることに。
そこで上条は決意する。学園都市をじわりと追い詰める『橋架結社』の本拠地を突き止めると。雲川芹亜がボロニイサキュバスに仕掛けた発信機があれば実際にできるのだ。
　そして上条は発信機をONしようとするが……しかし、アリスはすでに、彼女の方から、ここ学園都市にやってきていた！

　敵対者である『悪意の化身』アンナをうっかり庇ってしまった上条。当然の如くかつてないピンチに見舞われていた。彼の前に立ちはだかるのは強大過ぎる、３つの『脅威』。
『橋架結社』の超絶者専用暗殺者ムト＝テーベ。新統括理事長・一方通行(アクセラレータ)が管理する学園都市。アレイスター＝クロウリーにアンナの天敵・キングスフォード。 しかし当のアンナは意外にも余裕。ただ逃げるのではなく、何か一発逆転の秘策があるらしい。それは『悪女』にしか思いつかない手段で――!!
　ついに暴かれる『橋架結社』の真の目的！　デレにデレた女神アラディアも忘れてはいけない『禁書目録』最新刊！

　魔神も超絶者も超能力者も魔術師も。全てを超える存在、CRC（クリスチャン＝ローゼンクロイツ）。
　恐るべき力を持つアリスすら瞬殺する銀髪の青年は、『退屈しのぎ』に学園都市を闊歩し、人々を蹂躙する。
　その天災の如き前進の先にあるのは、カエル医者の病院で眠るアンナ＝シュプレンゲル、彼女の抹殺で――。
　上条は、かつては敵であったその少女を見捨てられない。絶対に。
　絶望的な状況の中、CRCの前に立ちふさがる上条。はたして、彼の叫びに応えてくれる『仲間』はいるのか……!!

アリス＝アナザーバイブル。
死んだはずの少女は、意外な姿で再び復活した。
それを目撃したインデックスは窮地に陥る。しかし、共にいたオティヌスだけは逃がし、入院中の上条当麻に危機を伝えることには成功した。
そして、オティヌスから話を聞いた上条は、再び拳を握る。
インデックスを、必ず助ける。
……だけで満足すると思ったか？
せっかく蘇ったんだろ、アリス。
お前と殴り合っても良い。不幸な俺が、この終わりかけた世界で『きっちり全員救って』ハッピーエンドにしてやるよ！