「真の世界を取り戻す」決意をした少年カイは、各種族の英雄や精鋭たちと出会う中で、この世界を改変した黒幕へと近づく。機鋼種の強敵・マザーＤを激戦の末に破った後、カイが手に入れたレコーダーには、預言者シドを名乗る男の声が残されていた。シドから語られる黒幕の真相とは――。一方、六元鏡光（リクゲンキョウコ）、ヴァネッサ、ラースイーエら三英雄たちが、三種族の思惑が入り乱れる中で衝突を始める。そして、預言神の加護を受けたこの世界の“二人のシド”アーカインとテレジアは三英雄を強襲する機会を伺う。今、この世界は「誰の記憶にもない」局面に突入する――！【電子特典！書き下ろし短編付き】

大始祖の陰謀により四種族が封印され、五種族大戦は人類の勝利という予想もしない形で終戦を迎えた。シドから大始祖の企みを聞いていたカイは、ジャンヌと花琳に戦いの継続を直訴するが、人類の平穏という悲願を達成した彼女たちの反応は薄かった。カイは新たなコードホルダーを手に、一人、リンネの復活と仲間たちの解放を目指し、大始祖への抗戦を決意する。その頃、石化していたために墓所への封印を免れた四英雄の一人アルフレイヤをバルムンクが発見したとの報がもたらされ――世界から忘れられた少年の『世界に拒絶された少女』を救う戦いが始まる！【電子特典！書き下ろし短編付き】

予想もしない形で終戦を迎えた五種族大戦を覆すために、カイは大始祖の待ち受ける決戦の地""墓所""に挑む。大始祖に封印された全種族の解放と、消えた世界種リンネの再生のため、ジャンヌ、バルムンク、大天使アルフレイヤらと共に墓所へ突入。そこで待ち受けていたものは大始祖の理念に従うアーカインとテレジアだった。時同じく、""世界輪廻""の首謀者であるアスラソラカが大始祖から離反し、世界崩壊へのカウントダウンを開始する。世界を愛する者と憎む者、数多の思惑が入り乱れる中で、カイの最大の戦いが始まる——！【電子限定！書き下ろし特典つき】

激化する“白の墓所”での決戦。大始祖イフの撃破によって蛮神族を解放するなかで、遂にリンネの復活が実現した。残る３種族の解放のために墓所の奥に進むカイ達だが、それをあざ笑うように、世界の改変を目論むアスラソラカが立ちはだかる。この世界から見捨てられた「世界種」の復讐を誓う彼女を、カイは止めることができるのか。そして「この先の歴史」でリンネが存在できないことを知ってしまったカイが、最後に選ぶ未来の姿は正史か、別史か、それとも――ファンタジー超大作、クライマックス！【電子限定！書き下ろし特典つき】