男爵家の令嬢・チェルシーは、母・メディシーナや双子の妹・マーガレットに虐げられ、食事抜きやムチ打ちも当たり前の日々を過ごしていた。
けれど、12歳の誕生日を迎えたある日、スキルを鑑定してもらったら、新種のスキル【種子生成】に目覚めていて!?
新種のスキルを調査・研究するという名目で、鑑定士のグレンとともに王立研究所へ向かうことになったチェルシーだが――そこで待っていたのはお姫様みたいな生活！
とても広いお部屋に専属のメイド、ふかふかのお布団で眠って、魔力を増やすためにおいしいご飯を食べて……。
慣れない日々に戸惑いながらも、グレンやお世話係のトリスターノたちの協力を得て、果物や薬草、さらには精霊樹まで、チェルシーはさまざまな種を生み出していく。
しかし、様変わりした生活を送るチェルシーを、今までいじめてきたマーガレットが黙って見ているはずもなくて……？

【種子生成】に目覚めたことで、王弟・グレンに見出された令嬢・チェルシーは王立研究所の特別研究員に任命された。グレンたちとスキルの研究をしながらすごしていたある日、チェルシーの元に王国の西にあるラデュエル帝国の前皇帝から『精霊樹を挿し木して欲しい』という依頼が届く。
獣人たちが住まう帝国では人々を苦しめる瘴気が蔓延していた。
瘴気を祓うには、新たに精霊樹を植え、精霊を呼び出す必要がある。しかし、精霊樹を挿し木できるのは精霊王・エレの契約者であるチェルシーただ一人。
チェルシーたちを帝国で迎えたのは前皇帝・ロイズと狐人の料理人・ミカ。帝の座を退くきっかけとなったロイズの病を、チェルシーは新しい種を生み出すことであっという間に快復！
そしてチェルシーたちは、元の精霊樹を切り倒してしまった今の皇帝を懲らしめ、人々を瘴気から助けるべく、彼らと協力して帝都へ向かう――
不遇だった令嬢のシンデレラストーリー、第２幕！

獣人たちの国での問題も一件落着。その後グレンと婚約したチェルシーは、サージェント辺境伯邸での休養も終えて、半年ぶりに王都の研究所へと帰ることに。そんなチェルシーを待っていたのは……社交界デビューと、はじめてのお友達！
グレンの婚約者としてふさわしくなれるよう頑張るチェルシーに、王家主催のパーティで出会った令嬢・ノエルは興味津々。ノエルのお家にも招待されて、二人はすっかり仲良しに。
しかし、そこへ突然現れた黒服の男性たち。ノエルの屋敷の温室を襲った彼らは、エレと因縁のある『代行者』の崇拝者だった。魔物を凶暴化させる強壮草を奪っていった彼らの本当の狙いは、精霊樹の破壊と、エレと契約したチェルシーらしく……!?　やがて執り行われる婚約発表のパーティを前に、崇拝者たちの狙いを知ったグレンは、チェルシーを脅かす連中を一網打尽にするために動き出して――？
不遇だった令嬢のシンデレラストーリー、第3幕！

精霊王のエレと旧知の仲である『代行者』へ会いに行くため、大陸各地へ赴き精霊樹の差し木をすることになったチェルシーとグレン。マーテック共和国へ向かう傍ら、チェルシーはミカの里帰りも兼ねてラデュエル帝国を訪れ、歓待を受けることに。【種子生成】の力で以前帝国を救ったことから表彰されたチェルシーは、植物に関する特別な書物を贈呈される。こうして獣族の仲間に迎え入れられ、美味しいご飯に舌鼓を打ったチェルシー達は、いざマーテック共和国へ！
不自然な魔力の枯渇によって疲弊した大地を目の当たりにした一行は、人々のお願いを聞き早速精霊樹を植えようとするが……そこに再び、チェルシーを狙う黒服の男性たちが現れて!?
間一髪でチェルシーの危機を救ったのは、マーテック共和国で子どもを守ると言われる霊鳥シームルグ。その巣でひとり保護されることになったチェルシーは、伝達の精霊の力を借りてシームルグと交流を図り……？

魔力の枯渇によって疲弊した大地を【種子生成】の能力で癒やし、マーテック共和国の人々を救ったチェルシー。その後クロノワイズ王国へと帰ってきたチェルシーに訪れたのは、成人である十五歳の誕生日！　かつて虐げられていた家では考えられなかった盛大なパーティーも開かれて、チェルシーもついに大人の仲間入り。
そんなチェルシーに、時を同じくして隣国のセレスアーク聖国から依頼が舞い込んだ。それは、新たな大聖女を選定する試練の見届け役になってほしい、というもの。しかも試練を行うための『花園』は男子禁制で!?
婚約者のグレンと離ればなれで頑張ることになったチェルシーは、専属メイドのジーナやマーサ、料理人のミカたちとセレスアーク聖国へ。そこで今代の大聖女や、三人の大聖女候補と合流したチェルシーを待っていたのは、お茶会＆大冒険！
三者三様、個性的な大聖女候補と挑んだ花園での試練は、意外な出会いの連続で――？