シティ・シンガポールと賢人会議の同盟締結に反対する者たちにより、入院先の病院から拉致された参謀の天樹真昼。一方、数万人に膨れあがった反対派のデモは、魔法士たちが滞在する迎賓館を包囲しつつあった。　事態収拾のため、サクラとフェイ大使は反対派の要、リン・リー議員の私邸へと向かうが……。　賢人会議と人類の同盟を“望む者”と“望まない者”。それぞれの信念と思惑の行き着く先は、果たして“平和”か“戦争”か──。「落日の都」完結編。

「我々はこの地球上からI-ブレインを持たない人類を一人残らず駆逐し、魔法士たちのための王国を作り上げる」　魔法士と人類の共存を夢見た、賢人会議の参謀・天城真昼の死によって、和平交渉は決裂。真昼を殺し共存の未来への道を閉ざした人類に対し、サクラは全面戦争を宣言した。　そして、各シティで両者による戦闘が勃発。魔法士たちの圧倒的な戦力の前に、人類は苦戦を余儀なくされていた。だが、シティは南海の孤島に隠された賢人会議の拠点を全力で探査しており……。　物語はクライマックスへ向けて急展開！

世界の運命を決する大気制御衛星は魔法士サクラの手に落ちた。人類を滅ぼそうとする賢人会議に対し、シティ連合も必死の反攻を試みる。激突する両者に翻弄される天樹錬や仲間たちに、決断の時は刻々と迫っていた。

「ぜったい、ぜったいなんとかなるの！」
　人類と魔法士の戦争は続いており、戦いの趨勢は、雲除去システムをどちらの陣営が起動させるかにかかっていた。事態が新たな局面を迎えるなか、シティの指導者たちはマサチューセッツに取り残された難民たちを囮に使う、最悪の作戦を開始する。事態に気づいたファンメイとヘイズは、絶望的な状況であると知りつつ、難民たちを救うために出撃する。
　その頃、大切なものを失った天樹錬は出口の見えない状況の中で、自問自答を繰り返すことしかできなかったが――。
　星の光が潰える時に、希望の種は芽吹くのか。『破滅の星』編、ついに決着！

天樹錬が世界に向けて雲除去システムの破壊を宣言し、全ての因縁は収束しつつあった。人類も、魔法士も、そして大気制御衛星を支配するサクラも見守る中、出撃の準備を進める天樹錬と仲間たち。最終決戦が、始まる。