ヨーロッパで錬とフィアが《世界樹》を巡る事件に巻き込まれている頃、シティ・マサチューセッツを脱出した祐一、ディー、セラの三人は、《賢人会議》の正体を探るため、崩壊してしまったシティ・メルボルン跡地の地下都市を訪れていた。　一方、同じくメルボルンを訪れた真昼と月夜は、一人の少女と出会う。　彼女こそアルフレッド・ウィッテンが生み出した最後の魔法士。　そしてもう一人の、『元型なる悪魔使い』だった――。

祐一、ディー、セラの協力を得て、サクラと真昼は、《賢人会議》に身を寄せる魔法士の子供たちを連れ、シティ・メルボルン跡地からの脱出を計画する。　一方、イルが所属するシティ・モスクワ軍は、ついに、《賢人会議》へと繋がる情報を手に入れる。　シティ存続のためだけに生み出され、殺されてゆく子供たちを命がけで救おうとするサクラ。　シティなしでは生存できない弱き人々を守るため、同胞を殺す痛みに耐えながら闘い続けるイル。　正反対の生き方を選んだふたりの道が今交錯する！

シティの要《マザー・システム》の秘密を全世界に告発した賢人会議は、全シティに対し宣戦を布告。　不安定な情勢の中、天城練は行方不明の兄と姉を探すためにシティ・ニューデリーに潜入する。　そこで魔法士でありながら《マザー・システム》推進を掲げる執政官・アニルに出会うが……。　緊迫の新章がいよいよスタート！

《マザー・システム》の是非を問う公開討論会に出席するアニルは、錬に自分の警護を依頼する。　アニルの人間性に触れるうち、練はアニルが《マザー・システム》を推進しようとする事に疑問を持ち始める。　そして討論会の当日、シティ中枢に潜入した真昼は、錬と月夜と再会するが……!?

《マザー・システム》は魔法士の犠牲の上に成り立っている―― 《賢人会議》の主張が真実であるとアニルが認めたことで紛糾する、シティ・ニューデリー中央招集会議。　だがそこに現れた真昼は、さらなる恐るべき事実を、全世界に突き付けた！　内戦状態のシティ・ニューデリーで、アニルの最後の希望を叶える為に、イル、ヘイズ、クレアが闘う。　そして、病魔に冒されながら毅然と振る舞うアニルの姿に、錬とフィアにある決意が芽生えるが――。