エンリコの失踪はキンバリーに衝撃をもたらした。二年連続の異常事態に教師陣も犯人捜しへと動き始め、ついには学校長自らの尋問が生徒へと及ぶことに。
不穏な情勢下で近付く統括選挙の時期。後継者を決めあぐねるゴッドフレイ陣営の前に、因縁の対抗勢力が立ち塞がる。
そんな中、人生を懸けて箒競技のタイム更新に挑むアシュベリーは、大きな壁にぶつかり苦しんでいた。彼女の助けになろうとするナナオだが、ふたりの華々しい活躍は選挙と無縁でいられず──。
一方でオリバーたちの前には、転校生の少年・ユーリィが現れる。軽いノリとは裏腹に高い戦闘能力を持ち、楽しげに校内を探って回る彼の目的とは──。

　キンバリーの今後を左右する一大イベント、決闘リーグの開幕が迫る。三年生に進級し成長を見せるオリバーたちは、そのために三人一組のチームを組むことになった。同学年の中でも実力上位と目されるナナオらは、他チームから徹底的にマークされて厳しい戦いを強いられる。
　一方で、例年以上に豪華な報酬と特殊なルールは、教師殺しの犯人を探すための教師陣の罠でもあった。さらに次期学生統括の座を巡る選挙戦もその影響を受け、駆け引きは激しさを増す。
　そんな中、ユーリィが追いかけていた「骨抜き事件」の犯人、サイラス＝リヴァーモアが動き出す。激動のキンバリーで、屍漁りの魔人は何を企むのか――。

　最上級生たちが登場し、さらに盛り上がりを見せる決闘リーグ。一方その裏で、ゴッドフレイの骨を奪還するため、ナナオたちはリヴァーモアを追い、地下迷宮の放棄区画へと突入した。
　無数の死者が住まう王国で幕を開ける、決闘リーグでの三人一組に上級生を加えた編成での捜索。数多の骨獣から古代の秘術によって作られた無貌の古人まで、リヴァーモアの使役する使い魔が息つく間もなく彼らに襲いかかる。さらにはレオンシオ陣営も捜索の妨害に回り──。
　人間ひとり分の骨を蒐集したリヴァーモアの目的とは。そして、『棺』の真実にたどり着いたオリバーが取る道は──。

決闘リーグがいよいよ終盤へと突入し、激闘を勝ち残った四チームによる決勝戦が幕を開ける。オリバーたちの初戦の相手はヴァロワ隊。リーダーのユルシュル＝ヴァロワが操る理解不能のクーツ流が三人を苦しめ、その剣戟はやがて、彼女が抱える異常なまでの憎悪を浮き彫りにしていく。
一方、優勝候補の一角であるアンドリューズ隊とコーンウォリス隊が対戦。アンドリューズとステイシーの熾烈な呪文戦から始まった戦いは序盤から二転三転し、それぞれの想いを乗せたぶつかり合いの果てに、予想外の結末を迎える。
そんな中、珍しく観戦に現れた天文学の教師デメトリオ。教師殺しの犯人を探る哲人の眼差しが、オリバーたちを鋭く見据える──。

　長きに亘った決闘リーグの終盤戦。ゴッドフレイとレオンシオの因縁が決着し、キンバリーは新たな学生統括を迎える。そうして喧騒が一段落した校舎の中、自分を求めるナナオと向き合い、姿を見せないユーリィの身を案じながら、オリバーはその裏で三人目の仇敵デメトリオの攻略へ向けて同志たちと策を練る。教師側の捜査による事態の切迫も決断を急かし、彼らはついに決戦へと身を投じる。
　迷宮四層の原野にてオリバーたちを迎え撃つデメトリオ。白日の下に晒された神代の秘奥を前に、彼らが用意した必勝の策はあっけなく踏み潰されていく。絶望的な戦況はやがて、少年がその胸に秘めた凄惨な過去を暴き始め――。