自衛軍の内部事情で5121小隊は待機状態におかれ、隊員たちはそれぞれに不本意な日々を送っていた。　だが、幻獣が休戦期を無視して本土・山口を急襲。 事態は一変する！　SCE＆芝村氏の監修のもと、ゲーム版では語られなかった5121小隊の物語が今、明らかに！

山口に防衛線を張ることで、なんとか幻獣の急襲から踏みとどまった人類側。だが、軍内部で軋轢が生じ始め、さらに、新たに5121小隊の司令となった舞の言動に、小隊内でも不満が募っていく。そんな中、敵の真っ只中で滝川が動かぬ軽装甲と共に孤立した！ 5121小隊に反撃の秘策はあるのか…!?　SCE＆芝村氏の監修のもと、伝説の小隊がオリジナルストーリーで蘇る！

新指令となった舞の下で結束を固め、大勝を続ける山口防衛ライン。　憎悪を撒き散らす大量の幻獣の大攻勢によって炎上する岩国陣地。　その極端な戦績の違いは、勝利への予兆か、それとも罠か……？　疑念、裏切り、そして奇襲…… 風雲急を告げる本土決戦。 人類側に勝算はあるのか？　SCE＆芝村氏の監修のもと、伝説の小隊がオリジナルストーリーで蘇る！

小型幻獣はすでに岩国市内まで浸透し、中・大型幻獣も最終防衛ラインに迫っていた。　その最中、共生派の企てた光輝号・十機の乗っ取りと、捨て身の爆弾攻撃により、人類側は壊滅的なダメージを受けてしまう。　後のない自衛軍は、茜・善行の具申によって大規模な縦深陣地の構築による新防衛ラインの設営を開始する。　さらに瀬戸口が共生派を指揮するカーミラ排除へ向け、独り静かに潜行する。　だが、その動きを読んだかのように、力を矯めた幻獣の大攻勢が始まった。　敵数百と対峙する一機の栄光号。 舞と厚志の伝説は、ついにクライマックスへ！

山口・本土防衛戦は、辛くも人類側に軍配が上がった。とはいえ損害は甚大であり、破局と紙一重という勝利だった。だが政府、軍上層部、マスコミらは現地の兵らとは異なる勝利を見ていた。彼らの脳内では大勝利と変換され、この後も積極的な攻勢をとり、一気に九州への足がかり作るべく、動き出そうとしていた。　兵らと軍部、双方の現状を知る善行は古巣の海軍に働きかけ、自ら率いる海兵旅団の編成に奔走する。そして……。　1999年10月6日未明。5121小隊が撤退戦を戦い抜いた因縁の場所。学兵を含む数十万の同胞の命が眠る約束の地。そしていまや幻獣の巣窟と化す九州を取り戻すべく、人類はついに上陸作戦を開始する。