ぼくは、夜野ゆきと。11歳。同い年の二ノ宮家当主・ありす様に仕える執事見習いです。ぼくがお屋敷に来てから、お嬢様はお部屋にこもって、ずっと書類をごらんになっているのですが、それはなんと、お嬢様が「探偵」だったからなのです……！5年前の宝石盗難事件と、ご友人に届いた脅迫状、婚約パーティーでおこった事件。探偵・二ノ宮ありすお嬢様がまとめて解決いたします！

探偵・ありすお嬢様が今回いどむのは、フィロソフィア学園七ふしぎのひとつ「時計塔の亡霊」事件！執事見習いであるぼく、ゆきとまで、学園の転入試験を受けることになったり、「名探偵の助手」を名乗るこばと様にからまれたり、事件以外でも大変でしたが、あいかわらずありすお嬢様の推理はさえわたっています！　それにしてもお嬢様、学校へ行ってらしたんですね……。

お嬢様なのに探偵の、二ノ宮ありすの元に、警察からある事件がもちこまれた。美術館で起きた、絵画の爆破事件。現場には犯行声明が残されていた。「これは、はじまりにすぎない。」と。しかも、二十年前の絵画爆破事件の犯人の名を名乗っていた。次にねらわれている絵は、豪華客船「クイーンアクア」号に展示されている。ちょうど日本に入港したその船に、ありすとともに執事見習いのゆきとも乗り込むことになった――。

ありすの元をたずねてきた怪しい男――それはなんと、ありすの父親だった。塩をまいて追い払ったありすには、父親を絶対に許せない理由があった。入れ替わりでやってきた同級生・こばとは、ありすに、学園内でみかけた謎の生き物の正体をつきとめてほしいとたのみこむ。こばとの熱意に負け、ひさしぶりに学園へ足を運んだありすとゆきと。謎が解決したと思った矢先、ゆきとは思わぬ事件に巻きこまれ、行方不明に！

ある日帽子屋が、ありすのところに「城」を売りにやってきた。今はホテルとなっているその城で、結婚式を挙げた花嫁は、不幸になるという。実際に、オーナーの娘が結婚式のあと、航空機事故で亡くなった。悲しむオーナーは「のろわれた城」を売ろうとしていたのだった。城はほんとうにのろわれてるのか？　真相をあばくため、ありすと執事のゆきとは、ドイツへ行く。ありすとゆきとの関係に変化が？　そして、ゆきとの秘密とは？