アビニョン侵攻作戦で治安維持が不在の学園都市。無法地帯となったそこでは、闇の組織らが暗躍していた。 ――己のために動くもの。 ――闇を好み、殺しを楽しむもの。 ――他社の希望を打ち砕こうとする者。 ――大切な人のために立ち向かう者。 ――上層部へ戦いを挑む者。 ――反乱分子を仕留める者。 ――暴走を暴力によって食い止める者。 科学が全てを支配するこの街で、生き残るのは……。 『グループ』の超能力者・一方通行が謎の組織『スクール』と邂逅したとき、物語は始まる――！

ローマ正教の暗部『神の右席』後方のアックアがついに動いた。『聖人』の力と『神の右席』の「特性」を併せ持つその最強・最悪の敵は、上条当麻の「右手」を狙い学園都市に侵入する。 アックアの宣告を受けたイギリス清教は、上条のもとに天草式十字凄教の五和をボディーガードとして派遣していた。上条宅に泊まり込んで護衛する彼女は、圧倒的な料理スキルとかいがいしさをもってして、居候シスター・インデックスの立場すら危うくさせる。そして、それを見た上条の目からは一筋の涙が……。 しかしそんな安息の時も束の間、ついに最強・最大の敵が現れる……!!

ジーンズ切り裂き魔を追う神裂、ヘンテコ魔草売り少女と出会う上条刀夜、微妙な強さの超能力者・ナンバーセブン、殺人を決意した少女の前に立ちはだかる『御坂』と名乗る男性、サボり美容師にキレる白井、『魔神』になれなかった優しい男、半蔵に恋する少女・郭ちゃん、初春に挑戦するハッカー少年、長身美女から慕われる砂皿緻密、血液型占いに夢中なミサカシスターズ、何かに目覚めたシェリー、絹旗と映画デート(!?)浜面……もう一度見たかったあのキャラたち＆新キャラが大活躍！　本編を補完するＳＳシリーズ第二弾！

イギリス清教『必要悪の教会』最大主教・ローラ＝スチュアートによって『禁書目録召集令状』が布告された。フランスとイギリスを結ぶユーロトンネルで起きた爆破事件を、英国『王室』と共に調査せよ、という任務だった。 その命を受けたインデックスと彼女の保護者・上条当麻は、イギリス行きの飛行機に搭乗する。和気藹々と空の旅を楽しもうとする二人だったが、機内では謎のハイジャック計画を進めており……！　銀髪シスターさんの空腹を全力でなだめつつ、事態解決を図る上条の運命は如何に!? 今度の”不幸”は、英国にて開幕！

インデックスが所属する『イギリス清教』の総本山・ロンドン。その魔術の都が、騎士団長を頭首とする『騎士派』のクーデターにより堕ちた。その影響はイギリス国内全土に及び、市街では一般市民が軍に拘束されるという異常事態に陥る。『騎士派』の”変革”が進行する渦中、魔術師擁する『清教徒』は各所で抵抗戦をつづけるのだった。 インデックスを救うためフォークストーンに向かった上条当麻は、ついにクーデターの主謀者の元にたどり着く。そこにいたのは、『神の右席』後方のアックアだった。そして、彼が刃を向けている先には、英国王室第二王女・キャーリサの姿が……！ 科学と魔術が交差するとき、物語は始まる……！