かつて、冬木と呼ばれる街では七人の魔術師と英霊たちによる聖杯戦争が執り行われていた。だが、第二次世界大戦の混乱に乗じて、とある魔術師が聖杯を強奪。　数十年が経ち、その聖杯を象徴(シンボル)に掲げたユグドミレニア一族は魔術協会からの離反、組織の独立を宣言。怒れる魔術協会は刺客を送り込むが、彼らが召喚したサーヴァントによって返り討ちに遭う。　サーヴァントに対抗するにはサーヴァント。聖杯戦争のシステムが変更され、七騎対七騎という空前絶後の規模の戦争――聖杯大戦が勃発。　一方、聖杯大戦の審判として十五人目のサーヴァント――ジャンヌ・ダルクが召喚される。彼女は自分が召喚されたことへの疑念を抱きながらも、舞台となる街トゥリファスへと赴くが……。

“黒”のセイバーの消滅という衝撃も覚めやらぬまま、ユグドミレニアの陣営は次なる戦いへと突入。　“赤”のセイバーとの小競り合いを経て、遂に戦場で“黒”と“赤”の軍勢が全面対決する。“黒”の陣営はランサーを中心に、アーチャー、ライダー、バーサーカー、キャスター。そして、“赤”から奪い取ったもう一人のバーサーカー、スパルタクスを使役して、“赤”に立ち向かう。　一方、“赤”の陣営はアサシンによる驚天動地の宝具『虚栄の空中庭園』によって、空から急襲を仕掛けた。　“赤”のアーチャー、ランサー、ライダー、キャスターを指揮し、自らも戦いに赴くはアサシンのマスター、シロウ神父。　“黒”と“赤”が凄絶な戦闘を繰り広げる中、ルーラーのサーヴァント、ジャンヌ・ダルクはある目的を抱いて戦場を駆け抜ける。　互いの策謀が交錯し、英雄の銀刃がぶつかり合う。　そして積み重ねられた幾つもの運命によって、“竜殺し”は戦場へと帰還する。

“赤”のバーサーカーが引き起こした混乱に乗じて、まんまと大聖杯を強奪したシロウ・コトミネ。“黒”のランサーとマスターであるダーニックを返り討ちにしたシロウは、執拗に彼を追跡していたルーラー、ジャンヌ・ダルクと遂に相対する。　第三次聖杯戦争において召喚されたサーヴァント、ルーラー。それがシロウ神父の正体だった。　大聖杯による世界の救済を謳うシロウは、聖杯大戦の調和を願うジャンヌ・ダルクと真っ向から対立する。　かつて奇跡の象徴として人々から敬愛された少年と少女は、ここに新たな聖杯大戦を勃発させる。　一方、戦場となることを免れたトゥリファスにも不穏な空気が漂っていた。　“黒”のアサシンが魔術師たちを殺害し、聖杯を獲るべくマスター暗殺に動き出したのだ。　かつて名も無きホムンクルスであった少年、ジーク。“竜殺し”に変身する度に己の生命が削られていくのを知りながら、彼もまたサーヴァントとして聖杯を巡る苛烈な争いに身を投じることを決意する。

“黒”のアサシンのマスター、六導玲霞によって瀕死に追い込まれたホムンクルス、ジークは自身も理由が分からぬままに復活を遂げた。　一方、“黒”のアサシンを追い詰めたルーラー、ジャンヌ・ダルクは予想外の反撃を受ける。そしてこの戦いで指し示された一つの事実を前に、ジークは人間という存在そのものに悩み始める。　最後の戦いは間近に迫り、生き残ったサーヴァント、そしてマスターたちも様々な決断を迫られる。決戦場所は大聖杯が格納された巨大宝具『虚栄の空中庭園』。　第三次聖杯戦争より「Fate/stay night」「Fate/Zero」から分かたれた外典の聖杯戦争。共に裁定者(ルーラー)として召喚されたジャンヌ・ダルクと天草四郎時貞は世界の救済を巡り、決して敗北が許されぬ戦いに挑む――！

『虚栄の空中庭園』にて、遂に“黒”のサーヴァントと“赤”のサーヴァントが激突した。夢に手を伸ばしながら、次々と散っていく一騎当千の英雄たち。　一方、“赤”のマスターである天草四郎時貞は遂に人類救済の夢に手をかけていた。　第三魔法「天の杯(ヘヴンズフィール)」による魂の物質化。即ち、全人類の不老不死化。　ルーラー、ジャンヌ・ダルクはその願いの正しさに迷いながらも、旗を手に立ち向かう。　誰が正しく、誰が間違っているのか。善も悪もなく、秩序も混沌もなく。互いの譲れぬ想いが交錯したとき、焔は再び聖女を包んだ。　受け継いだものはなく。託されたものもなく。けれど、そこには確かに生まれたものがあった。天草四郎時貞が捨てたものを最後の武器(やいば)として、ジークは最後の戦いに挑む――！