新１年生の仕掛けを回避した綾小路。だが「取れるはずのない満点を綾小路が取った。俺は……手品を見てるみたいだ」数学試験の満点獲得が波紋を広げる。そんな中、試験の結果を受け堀北鈴音が生徒会入りを要望する。来るもの拒まずの南雲はそれを受け入れるものの色々な思惑が絡むようで……。
軽井沢との仲が少しずつ深まるなど、状況が変化を迎える中、全学年で競いあう無人島サバイバル試験の夏休み開催が発表された。戦いはグループ戦で上位３グループに莫大な報酬が与えられる一方、下位グループは退学ペナルティを受ける。前哨戦として上陸前にグループ作りが許可された結果、全クラスを巻き込んだ人材獲得合戦が始まる！

常夏の無人島を舞台に、全学年で得点を競い合うサバイバル試験がついに開始された。得点を得る方法は２つ。毎日一定時間ごとに指示される指定エリアを訪れることと、無人島内に設置された課題を条件通りにこなすこと。グループ人数が多いほど有利かつ、退学の可能性も減る試験内容。２週間という長丁場かつ、水や食料の補給も考える必要のある過酷な試験。さらに月城理事長代理は学生同士の小競り合いを試験中は容認するらしい。そんな中単独行動で状況を窺う綾小路だが、１年Ｄクラスの七瀬翼が同行を申し出る。メリットのない奇怪な行動だが七瀬の出方を知るため綾小路はそれを受諾。２人組での無人島走破が始まる！

２週間のサバイバル試験も後半戦。１年生、２年生、３年生、月城理事長代理、様々な人の意志が常夏の無人島で交錯する。
「私は退学を恐れません。綾小路先輩を守るためであれば、何でもするつもりです」
「だから、あたしの許可なく勝手に潰されてないで下さいね」
「もしもの時はそうだな……力づくで乗り切ることにしよう」
「高円寺を封じ込める指揮は俺が取る」
「やれやれ、騒がしいねぇ。それじゃあ、少しだけペースを上げさせてもらおうかな」
「わ、私、どうしても綾小路くんに伝えなきゃいけないことがあって！」
全学年、全生徒、総力戦の無人島サバイバル試験、ついに決着！

様々な出来事を乗り越え無人島試験も終了。待望の豪華客船での夏休みが始まった。だが試験は様々な爪痕を残し、龍園が小宮を襲撃した犯人探しを開始、他の生徒達も今までとは違う動きを見せ始めていた。そんな中、綾小路の前に３年の桐山が現れる。「おまえの存在は邪魔でしかないんだ綾小路」
告げられたのは南雲の変貌。奇怪な行動を取り始め、綾小路１人に対して、３年生全体による『奇妙な監視』という指令が実行される。
一方で告白に対しての答えを返すため、綾小路は一之瀬との約束の場所に向かい――!?
大人気学園黙示録、２年目の夏休みは波乱含み!?

２学期が開始と共に２つのイベント、体育祭と初の文化祭の開催が発表された。文化祭に胸躍らせる高度育成高校の生徒達だが、茶柱が唐突な特別試験の開催を発表する。
試験名は『満場一致特別試験』。クラス全員の意見が一致するまで投票を繰り返すという一見容易な試験内容。だがその本質は茶柱の１０年来のトラウマになるほどのもので……。
全員が投票で意思表明する必要がある『満場一致特別試験』によって否応なくその混沌に巻き込まれていく生徒達。
「では、最後の課題を表示する。投票の用意を」
試験史上最も容易で、最も残酷な試験！　悔いなき選択を生徒達は果たして選ぶことができるのか！