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幻想郷は、一人の少女が永い眠りの中で見ている夢の世界だった。
少女は夢の中で“博麗霊夢”として、幻想郷という世界を治めていたが、その東方の夢は終劇を迎えることとなった。この物語は幻想郷が消えた後の物語である。

妖怪たちの奇跡で、魔理沙としての夢を見た普通の女子高生“澪音”。
幻想郷消滅の悲しき思い出は、一度は学校生活の中で薄れ、そして夢の記憶のように消え去っていた。

そんな中、彼女はひょんなことで一人の上級生“智明”と出会う。
友達こそ多いものの男性経験はからきしの澪音は、その出会い自体がトラブルのようなものだったこともあり、当初は彼を煙たがり敬遠していたが、とある事故をきっかけに二人は想いを寄せるようになる。

──しかしそんなカップル生活も長く続くことはなかった。

気づくと彼女は幻想郷にいた。
彼女は現世での記憶を全て失い、とある日の“魔理沙”と戻り、その郷での日常生活を送っていた。

季節は春、雪はとうに止み、新緑もまばらと見え始めているが、春は何かを悲しむように銀世界を一掃できずにいた。
彼女はいつものように神社の巫女を冷やかすべく、家を後にする──。

こうして彼女は東方“夢終劇”の世界、そして奇跡を繰り返し、ついに夢の主の少女に“再会”することとなる。

不思議な能力が使えるエナと、その弟のグレース、そして決闘好きな幼馴染のアーク。
所謂「ケンカするほど仲が良い」を地で行くような悪ガキ三人衆が田舎村を舞台に平和に過ごしてきたが、ある日アークが領主に攫われてしまったことで、この村の闇の部分を知ることになる。探検家だったグレースの父が事故死ではなく人殺しの罪で処刑された事実、またアークの父も同じ罪で追われていて、アークはその人質として攫われたことなど。
エナはその日の晩、父の無実を問い詰めることも兼ねて、領主からアークを奪還しようと家を飛び出す。ことの恐ろしさに固まってしまった母の代わりにエナを止めようとするグレースだが、エナの決意に負けて同行することに。
しかし、館へ到着した二人は領主の策略で兵士に捕らえられそうになった挙句闘技場へと誘導され、そこには領主が待ち構えていた。話し合いの場を失ったエナと領主は剣を交えるが、剣術では不利な上に実は領主もエナと同じ能力者で窮地に立たされてしまう。
果たして二人はアークを取り返すことができるのか！？そして領主の持つ謎の能力『邪の魔術』とは？
勧善懲悪では済まされない結末が待ち受けている、本格ファンタジー小説です。