１０月１８日。 ロシアより、第三次世界大戦の宣戦が布告された。 学園都市とロシアの激突は全世界を巻き込む大規模なものとなる。この背景には『神の右席』最後の一人、フィアンマの政治的暗躍があった。 そんな世界大戦戦火の渦中で、奔走する者達がいた。 学園都市の高校生・上条当麻は、フィアンマによる霊装奪取の影響で昏睡状態になったインデックスを解き放つため。 最強の超能力者・一方通行は、謎の存在『エイワス』出現による高負荷が掛かった打ち止めを救うため。 元・暗部組織『アイテム』小間使い・浜面仕上は、能力促進剤『体晶』の乱用によってす衰弱した滝壺理后を治療するため。 彼らは三者三様の想いを抱き、緊迫のロシアへと向かう！　そこで待ち受けていたものとは……。 科学と魔術が交差するとき、物語は始まる――！

一〇月三〇日。第三次世界大戦が開幕して、一一日が経った。三人の少年たちは、それぞれの想いを秘め、炎上するロシアを駆けていた。 元『アイテム』小間使い・浜面仕上は、滝壺理后の治療に奔走するも、糸口は見つからない。キーとなるのは、元『神の右席』の聖人アックアとの出会い。 最強の超能力者・一方通行は、最弱の好敵手との交戦を経て、エリザーリナ独立同盟に移送された。未だ打ち止めを救う手だては見えない。キーとなるのは、魔術が記述された謎の羊皮紙。 そして上条当麻は、ついにフィアンマと邂逅するも、手加減された上に逃亡を許してしまう。インデックスを元に戻すことは、未だ叶わない。キーとなるのは、”天使”と呼ばれる別次元の住人。 三者三様の想いを秘め、科学と魔術が交差するとき、物語は始まる――！

ローマ正教の暗部『神の右席』最後の一人、右方のフィアンマ。彼の企てる『計画』が、ついに発動する。第三次世界大戦下のロシア上空に浮遊した巨大要塞『ベツレヘムの星』。十字教信者だけでなく、全世界の人間を「救う」と言われるそれは、しかし人類史上でも未曾有の大災害を引き起こすことを意味していた。フィアンマが『浄化』と呼ぶその謀略が蠢く中、三人の少年は自らの想いを胸に戦い続ける。浜面仕上は、滝壺理后の治療を終え、クレムリン・レポートを未然に防ごうと動いた直後、宿敵・麦野沈利と相まみえた。一方通行は、大天使ミーシャをかろうじて退け、ついに打ち止めを救う『とある解法』に行き当たる。しかしそれはまさに禁断の一手だった。そして上条当麻は、『ベツレヘムの星』計画を食い止めるため、インデックスを解き放つため、単身フィアンマへと挑む……！