それは、ペイルライダーの作り出す空間が破られた直後のことだった。
　米国での聖杯戦争にマスターの一人として参加した時計塔の鬼才フラット・エスカルドスが、狙撃手による凶弾によって頭部を撃ち抜かれ、崩れ落ちた。
　――はずだった。
　だが彼は突如として再生する。英霊以上の魔力を伴う、此度の聖杯戦争における最大級の危険因子として。
　同時刻、西部の森林内では真バーサーカーとそのマスターであるハルリが、女神イシュタルの下で神殿を建築しようとしていた。さらにはイシュタルが呼び寄せた“台風”も近づいており……。
　混乱に満ち満ちた状況を前に、黒幕達は非情なる裁断を下す。――48時間後、スノーフィールドを『浄化』する、と。

　呼び寄せられた巨大台風――天の牡牛によって混乱する聖杯戦争。人理を否定するがごとき女神の暴虐を許すまいと、宝具を撃ち放つランサー。そこに立ちはだかるのはランサーにとって因縁の怪物、真バーサーカーだった。さらには神を憎み抗う復讐者による魔矢の洪水が降り注ぎ、『ネオ・イシュタル神殿』を中心に大規模な衝突が始まった。
　そして、一人のサーヴァントが影の中から女神に告げる。
『――汝に、晩鐘を届けに来た』
　一方、非常事態の中で共闘を目指すマスターとサーヴァントたちが渓谷にて合流する。だが、エルメロイ教室の面々を前にアヤカは……。

女神イシュタルを討ち、聖杯戦争は佳境へ。宿敵アルケイデスに立ち向かうヒッポリュテ。ティアを食い止めるエルメロイ教室の生徒たち。バズディロットと警官隊の死闘。その時、アヤカは自らの記憶を思い出し――。