水波を連れ、日本を脱した九島光宜。パラサイト化したレイモンドと共に、USNA軍基地のある北西ハワイ諸島を目指す。
　一方、九重八雲という意外な伏兵によって追跡を阻止された達也だが、彼は水波のことを諦めてはいなかった。必ず連れ戻す、と深雪と約束したからだ。
　光宜とレイモンドが逃れた先。そこは奇しくも、リーナが救出を願うカノープス少佐が幽閉されたミッドウェー監獄に近い、パールアンドハーミーズ米軍基地。
　パラサイトを滅す新魔法『アストラル・ディスパージョン』を習得した達也が、水波と、そしてカノープス奪還のため、USNA軍基地を隠密裏に強襲する……!!

　水波を奪還し、今までの日常に戻りつつある達也と深雪。しかしそれはつかの間のものでしかなかった。
　USNAのエドワード・クラークは焦りを覚えていた。達也を無害化するための謀略に対する達也の警告。このままではUSNA内での立場が危うくなり、それを回避するには達也を斃すしかないと。
　そして、新ソ連のベゾブラゾフも復讐の機会をうかがっていた。二度にわたる達也への攻撃が失敗に終わり、自身の戦略級魔法のためのCADまで破壊され、この雪辱に執念を燃やしていた。さらにもう一人の戦略級魔法師も達也へ狙いを定める！
　それぞれの思惑は巳焼島で交差する——。

　達也の元に届いた九島光宜からの挑戦状。パラサイトを制御下に置くだけにとどまらず、かつて達也を苦しめた周公瑾の知識も獲得した光宜は、病身という唯一の欠点すら克服し、日本へ戻ってきた。
　彼の狙いはただ一つ。愛する少女・水波の救済。
　一方、水波を救いたいと願う達也と深雪の気持ちもまた光宜と同じだった。しかし、両者の信念の違いから、激突は避けられそうになかった。
　名実ともに『最強の魔法師』となった達也と、人外と亡霊の力を宿した『最強の敵』となった光宜。
　二人は、決戦の地、東富士演習場で激突する！
　魔法科高校入学から三年。達也と深雪が過ごした波乱の高校生活に、ついに幕が下りる。
　そして、二人の恋の行方は――。