SAOから未だ帰還しないアスナを救うため、疑惑のVRMMO≪アルヴヘイム・オンライン≫にログインしたキリト。　その次世代飛行系ゲーム≪ALO≫は、≪魔法≫という概念、プレイヤーの反応力と判断力が勝敗を決めるアクション要素、そして≪妖精≫となって空を駆け巡る≪飛翔システム≫と、≪SAO≫に勝るとも劣らない高スペックで数多のプレイヤーを魅了していた。≪妖精≫スプリガンとなったキリトは、アスナの幽閉先 ── 全プレイヤーの最終目的地≪世界樹≫目指し突き進む……！　道中、妖精種族≪サラマンダー≫のプレイヤーたちの策略により、絶体絶命の危機に陥るキリトだったが、≪シルフ≫の少女・リーファの助力、ナビゲートピクシー・ユイのバックアップを受け、どうにか九死に一生を得る。　そしてついにキリトは≪世界樹≫の根元までたどり着く。しかしそのとき、リーファとキリトは互いの≪秘密≫を知ってしまい……。

《SAO》 事件から一年が経った。　ある日。キリトは、総務省 《仮想課》 の菊岡誠二郎から奇妙な依頼を受ける。　銃と鋼鉄のVRMMO 《ガンゲイル・オンライン》 で突如発生した怪現象 《死銃》 事件。漆黒の銃を持つ謎のアバターに撃たれたプレイヤーは、実際に現実世界でも 《死》 に至る……。　その不気味な事件の捜査を断り切れなかったキリトは、《仮想世界》 が 《現実世界》 へ物理的に影響を及ぼすことに疑いを抱きつつも、《GGO》 へとログインする。　《死銃》 の手懸かりを掴むべく、不慣れなゲーム内を彷徨うキリト。そんな彼に救いの手をさしのべたのは、長大なライフル 《へカートII》 を愛用するスナイパーの少女・シノンだった。　彼女の力を借りたキリトは、自らが 《死銃》 のターゲットとなるべく、全ガンナーの頂点たる対人トーナメント 《バレットオブバレッツ》 に挑む……!!　新エピソード突入！

銃と鋼鉄のVRMMO《ガンゲイル・オンライン》で発生した《死銃（デス・ガン）》事件を調査するため、《GGO》へとログインしたキリト。　一見超美少女キャラと見間違えるアバターにコンバートされるトラブルに遭った彼だったが、スナイパーの少女・シノンのナビゲートにより、全ガンナーの頂点たる対人トーナメント《BoB（バレットオブバレッツ）》に無事参戦を果たす。　キリトは、銃が支配するこのゲームで唯一《光剣》を駆使、《BoB》を勝ち進む。その奇抜な戦闘スタイルが話題となり、徐々にゲーム内での知名度は上がっていった。　そして《BoB》決勝。数多の強敵がひしめく《多人数バトルロイヤル》の中、ついに《死銃》が姿を現す。果たして《死銃》とは何者なのか。本当に《仮想世界》から《現実世界》へ影響を及ぼすことができるのか。キリトは単身、《死銃》へと挑む!!　『ファントム・バレット』 編、完結!!