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海岸で地元漁師の遺体が見つかった。激しい暴行の跡があり、他殺の線が濃厚だった。だが、静岡県知事の領導する市民団体ペレシズが現場に乱入しくる。さらに、知事や外務大臣から「自殺として処理せよ」と圧力がかる。静岡県警は面従腹背で、沼津署の刑事勝又に捜査継続を指示する。他方、沼津市の井田海岸付近では、地震が頻発したり、電波状況が悪くなったり、イエイヌが異常行動をとったりといった怪現象が頻発していた。すべては、井田沖に外洋作業船イビシャ号が停泊してからの出来事だった。その井田に、経済学部教授の佐藤清澄がやってきた。佐藤ゼミ卒業生の水中結婚式に出席するためだ。ちょうどその日、井田では、ダイバーが５ｍ級の巨大タカアシガニに襲われた。ふだん深海で貝や動物の死骸を食べているタカアシガニがなぜ？清澄は巨大カニ対策に理学部教授の生物学者天童将之を強引に呼び寄せる。そこに勝又も合流。さらに、イビシャ号から脱出した地質学者木村照市の証言もあり、知事とペレシズとが進める「駿河作戦」の恐るべき全貌が明らかになる。井田沖水深40ｍの海底に電磁場発生装置を設置し、電気的共振を利用して海水をプレート境界に流し込み、マントルを加水融解させ、富士山の噴火を誘発しようというのだ。裏で糸を引くのは中国か？さらに、イビシャ号から逃げ出した4ｍの人食いミズダコも井田の海に身を潜め、巨大タカアシガニを捕食する。そんな状況で、清澄・勝又らは「駿河作戦」阻止に立ち上がる。将之も渋々これに参加。鍵を握るのは、電磁波感受性の強いビーグル犬ロッキーだった。海上保安庁は国土交通大臣の圧力で協力できない。その代わり、殺された漁師の仲間たち3人が仇討のために参加。彼らは電磁場発生装置破壊のために40ｍの海底へ臨む。だが、海底では、水中アサルト・ライフルで武装したリブリーザーのロメオ隊が待ち構えていた。海底で繰り広げられるダイバー同士の死闘。佐藤ゼミ卒業生のギャル斎田未蘭のとった何気ない行動がその帰趨を左右する。水深40ｍでは、開式スクーバの将之らの潜水可能時間はわずか6分。人食いミズダコの脅威。将之らは「駿河作戦」を阻止できるのか？そして、「駿河作戦」の意外な黒幕とは？