アレイスターはついに大悪魔コロンゾン打破のキーポイント、ウェストミンスター寺院の墓地にたどり着く。そこで目撃したのは――
　世界最大の魔術結社『黄金』の長、メイザース。100年前、因縁の地・ブライスロードで両断したはずの男だった。
　メイザースだけではない。彼が率いていた強大な『黄金』の魔術師たちも一斉に科学の長に牙を向ける。魔術の腕ではメイザースに勝てない。なす術もないアレイスターだが、科学の地を作り、そこで積み重ねた一〇〇年は無駄ではなかった。
　上条当麻と一方通行。科学の総本山・学園都市で積み重ねた努力の『成果』である二人が、ついに最大最強のメイザースに立ち向かう――！

　大悪魔コロンゾンがその本性を現した。アレイスターは凶刃に倒れ、もはや世界の行方は誰にも分からない。上条当麻と一方通行は対抗するため立ち向かうが……。
　スコットランドを中心とした世界崩壊が迫るとき、美琴や食蜂が見た激突の結末は意外なもので――!!
　一方、全てを掌握するコロンゾンにも読みきれない誤算があった。
　浜面仕上。目の前で消えた滝壺を救うため、正真正銘の『無能力者』にして予測不能のトリックスターが動き出す。
　世界の運命は、三人の主人公に委ねられた。『新約』の全てが交差する時、最大の決戦が始まる!!

　世界破滅を狙った大悪魔コロンゾンの脅威は去った。『学園都市統括理事長アレイスターの犠牲』という多大なる損失と引き換えに、上条当麻はついに、ついに科学と魔術の世界を救ったのだ。
　ここはイギリス清教の聖地・ウィンザー城。祝勝会にて熱烈な歓迎を受ける上条が目を向けると、そこにはインデックス、御坂美琴、食蜂祈操らの姿も確認できる。本当に、『平和』が訪れたのだ。
　——しかし。
　なにかを忘れてはいないだろうか。……そう、コロンゾン戦直後。上条の右手は破裂してしまっているはずで!?
　そして。ウィンザー城へ怪物が襲来する。翼を持つトカゲが示すものとは。
　これは、魔術と科学が交差する、その集結の物語。『新約』編の結末を見届けよ！