ローマ正教の暗部 『神の右席』 最後の一人、フィアンマがロシアから起こした第三次世界大戦は、上条当麻の活躍により終結した。彼の、消失と共に。　ここは上条当麻が存在しない世界。　魔術サイドは再編・改善がすすみ、信徒たちには安息の日々が訪れていた。　科学サイド総本山の学園都市では、最強の超能力者・一方通行が、『闇』 と手を切り、打ち止めや番外個体と共に騒がしくも穏やかな日常を過ごしていた。そこには 『グループ』 の影も無い。元スキルアウトの無能力者・浜面仕上は、ロシアで手に入れた『闇』との交渉材料を懐に、絹旗、滝壺、そして帰ってきた麦野と共に新生 『アイテム』 を結成、活動を再開する。闇からの 『卒業生』 たちは、平穏を手に入れたのだ。── 凶悪な 『新入生』 が、彼らの前に現れるまでは。

11月5日の学園都市。上条当麻と一方通行（アクセラレータ）、そして浜面仕上の三人が、ついに交わった。しかしそれは、三者三様の 『アンタ等何やってた訳』 的、彼らを心配していたオンナノコたちへの落とし前イベント勃発を意味していた……！　上条は、形見のゲコ太ストラップを握りしめ意気消沈中の美琴に妙なテンションで声をかけ、超電磁砲地獄を見る。さらに、同じノリでインデックスにも話しかけ……。浜面は、『負けたら屈辱のバニーだ！ ゲーム』 を続けていた麦野たちにようやく発見される。しかしその傍らには今は亡き 『アイテム』 元メンバー・フレンダにうり二つの少女がいて……。一方通行は、押しかけてきた打ち止め（ラストオーダ―）と番外個体（ミサカワースト）に辟易するが、いつもちょっかいをかけてくる番外個体が上条の前では大人しくなり、何故かそれに苛立ちを覚え……。科学と魔術が交差するとき、日常の物語（コメディパート）は始まる ──！

グレムリン。魔術と科学が融合した、世界規模の敵対勢力。第三次世界大戦後に突然現れた謎の組織が、アメリカ五〇番目の州・ハワイで暗躍しているらしい。イギリスの黄金系魔術結社 『明け色の陽射し』 のボスであるレイヴィニアの先導で、ハワイに向かう上条たち。そのメンバーは、上条当麻、御坂美琴、一方通行、浜面仕上、番外個体、黒夜海鳥である。そして、新ホノルル国際空港に到着した直後から、グレムリンの魔術師による襲撃は始まった。水面下で進行するグレムリンの陰謀。米国側で唯一それに気づいた男は、単独で抗戦を模索する。男はやたらハイテンションで、調子ぶっこいた野郎だった。名前は、ロベルト＝カッツェ。誰もが知るアメリカ合衆国の大統領だった。

──『11月13日より、我々反学園都市サイエンスガーディアン二七社は東欧のバゲージシティにおいて、格闘大会 「ナチュラルセレクター」 を開催します』──　そのアナウンスが始まりだった。第三次世界大戦を契機とし、反学園都市勢力は各地で様々な抵抗運動を模索していた。この 『ナチュラルセレクター』 では、トーナメント制の異種格闘大会を通じ、『超能力を凌駕する 「異能」 を証明する』 こと目的としていた。それは、学園都市のアイデンティティを根本から破壊することに他ならない。魔術と科学の融合組織 『グレムリン』 の手を借り、その策謀は進む。そして。学園都市はそれを許さない。これは、たった三人の 『木原』 と、たった三人の 『グレムリン』。それだけでは済まない、最悪の騒乱。

11月。超巨大文化祭 『一端覧祭』 の季節がやってきた。そんなさなかに、ようやく学園都市に戻ってきた上条当麻。ロシアより勃発した第三次世界大戦を起因とする 『対グレムリン遠征』 を経て、ついにインデックスや御坂美琴とのほのぼのした平穏な日常が戻ってきた──。そう楽観していた上条当麻だが、意外な人物の登場で、その願いは虚しく霧散することに!?　彼の前に現れた最強の 『敵』 とは？　セルフ迷子メーカーなフレメアの保護者となって学園都市内を走り回る浜面や、打ち止めの子守りでキレる平常運転な一方通行、リハビリついでに手料理を作る麦野沈利などなど…… 学園都市を舞台として、『新約』 シリーズは新展開に突入！