独立記念日――シグマフォースのグレイ・ピアース隊長のもとに、かつて闘ったギルドの女工作員セイチャンが、重傷を負って助けを求めてくる。その直後、グレイたちはギルドのメンバーに襲撃された。グレイとセイチャンは、巻き込まれたグレイの両親と共に、命からがら逃げ出す。セイチャンは組織のある計画に反発し、抜け出してきたという。その計画とは、マルコ・ポーロと『東方見聞録』の謎にまつわるものらしい。一方、シグマのモンク・コッカリスとリサ・カミングズも、ある島で発生した奇病を調査するため向かった先で謎の集団から襲撃を受けていた。突如発生した人肉を欲するようになる奇病と「東方見聞録」から削除された空白の期間――真実を記した秘密の書――それらが解明される時、人類の内側に潜む大いなる謎が明らかになる……。

ギルドに捕えられたリサは、巨大クルーズ船の船内に作られた研究施設で、『東方見聞録』の失われた章に記述されていた病原菌〈ユダの菌株〉の解明を迫られていた。そして、発症した患者のうち、ただひとり生き残った女性スーザンに解明のヒントがあると確信する。一方、グレイは両親を人質に取られたまま、セイチャンとヴァチカンの考古学者ヴィゴーの協力のもと、〈天使の文字〉を解読しつつ、『東方見聞録』の失われた章に記された場所にたどり着きつつあった。そして、モンクはリサを救出し、クルーズ船から脱出する算段を立てていた……歴史と科学の道筋が、ある世界遺産の一点を示す中、世界各地でも新たな患者が発生し始める……。果たして〈ユダの菌株〉とは一体何なのか？　グレイの両親の運命は？　そして、組織を裏切ったセイチャンは本当に信用できるのか……？

シグマフォースのグレイ・ピアース隊長の目の前で一人の男性が射殺された。著名な神経学者であるその男性、アーチボルド・ポークは、致死量の放射線を浴びていた。デルポイの神殿が描かれた硬貨と、不思議な能力を持つ少女の手による絵を手がかりに、グレイたちシグマの隊員は、ポークの娘エリザベス、ロマの男性ルカとともに、インドへと向かう。一方、ロシアのウラル山脈で記憶を失った一人の男性が目を覚ました。彼は不思議な能力を持つ三人の子供から、「僕たちを救い出して」との依頼を受ける。その頃、ロシアではニコライ・ソロコフ上院議員とサヴィーナ・マートフ少将を中心に、チェルノブイリ原発を利用したロシア再興計画が進んでいた。その計画に参加させられていたのが、不思議な能力を持つ子供たちだったのだ。子供たちの能力を増幅させる人体実験には、シグマの存在を疎ましく思うアメリカのグループも関与していた……。

インドでポークの同僚、ハイデン・マスターソンと出会ったグレイたちは、パンジャブ地方でギリシアの神殿の遺跡を発見する。しかし、デルポイの巫女から現代へと連なる血筋の謎を解明したものの、ロシア側に捕えられてしまう。三人の子供たちと行動を共にする記憶喪失の男性も、カラチャイ湖の放射線に怯えながら、追っ手の猛獣の恐怖と戦っていた。廃炉となったチェルノブイリ原発四号炉を「新しい石棺」で密閉する式典が進むにつれて、ソロコフとマートフによる二つの作戦――世界各国首脳を抹殺する「ウラヌス作戦」と、地球の生態系を壊滅させる「サターン作戦」――の開始が迫る。グレイと記憶喪失の男性は、作戦を阻止することができるのか？　デルポイの巫女の預言「世界は燃えてしまう」は、現実のものとなってしまうのか？　人類の運命は、グレイでも記憶喪失の男性でもなく、ある一人の少年の手に委ねられることとなる……。

ヴァチカンのサンピエトロ大聖堂での神父、アフリカ・マリ共和国の難民キャンプでのアメリカ人大学生、アメリカのプリンストン大学での大学教授――三つの大陸で起きた三つの殺人事件には、ある共通点があった。シグマフォースのグレイ・ピアースは、ヴァチカンでの事件でおじが巻き添えになった元恋人レイチェルの依頼でイタリアに飛び、渦巻模様と円環の謎を追う。一方、マリで犠牲になった大学生の父親である上院議員の要請で調査を進めるペインター・クロウは、遺伝子組み換え作物を手がけるノルウェーの企業が事件の裏に存在することを突き止めた。だが、調査を進めるグレイとペインターに、炎と氷の脅威と裏切りの罠が迫る。「ドゥームズデイ・ブックの鍵」を巡り、シグマとギルドとの争奪戦の火ぶたが切って落とされた。全世界で日本でベストセラーの歴史×宗教×科学のハイブリッド・エンターテインメント！！〈シグマフォース〉シリーズ第五弾！