印刷会社に勤めるソラは、恋人のリンと適当につきあいながら、無気力な日々を過ごしていた。そんな彼が非凡な才能を見せたのが、夢の中で夢だと気がつく明晰夢を見ることだった。
ある日ソラは、明晰夢でゼロと名乗る美少女と出会う。そして彼女が地球と二千万光年離れたエリュシオンという惑星から、夢の世界を通じて地球にやってきたことを知る。その目的は、予言された救世主を地球で探すことだった。
エリュシオンでは、恐るべき陰謀が進行していた。超能力者の犯行だと思われるおぞましい未解決の事件が続出していた。それは闇の超能力者集団が、能力を持たない人々を惑星から排除して隷属させるためであった。
だがエリュシオンの創成期から地底世界を築いていた民族が、五千二百年前になされた予言書の封印を解くことで、その陰謀を阻止しようとしていた。残る一つの封印を解くためには、五千二百年前に鍛えられた７本の剣と、その守り手を見つける必要があった。最後の封印が解除されることで、救世主となる地球の人物の名前が明らかにされる。
そんな地底民族と関わりを持つ、ティーグレと祖父のキャッスル、そしてゼロたちが地上で立ち上がった。７本の剣とその守り手を見つけ出し、さらに地球の救世主との仲介役となる人物を探すことにした。そこで夢の侵入に関する特殊能力を持つゼロが、明晰夢でソラに接触することになった。
仲介役となることを決意したソラは、エリュシオンを訪問する。だが未知の惑星の美しさと、進んだ科学技術に感動したのは束の間だった。やがて想像を絶する恐るべき事態に巻き込まれていく。
７本の剣の守り手は見つかるのか？
ガイアの救世主とは誰なのか？
闇の超能力者集団を操る謎の少年の正体は？
ティーグレとソラに関わる驚くべき秘密とは？
これらの謎が３部作を通して語られていく。この第１部は、そんな彼らの出会いを描いた物語である。

危機一髪で研究所を脱出したソラたちは、新たな剣の守り手であるブロックを迎えて、残る３人の剣の守り手の探索を続けていた。
エリュシオンでは、連邦軍や公安警察で大規模な人事異動が発令され、ひとつの国家であったエリュシオンが民族ごとに分裂することになった。各地域の境界線が事実上の国境となり、ささいな出来事で全面戦争を誘発するという事態を迎えていた。その影で暗躍していたのは、ホワイトが率いる〈ヌース〉という秘密結社だった。
ようやく７人の剣の守り手を集めたソラたちは、地底民族であるラ・ルーの招待を受けて地底世界を訪問する。そして第５の予言の最後の封印が解除され、予言を成就するための命題とガイアの救世主が明かされた。それは、ソラとティーグレを究極の葛藤へと導くものだった。さらに仲間に裏切り者がいることが判明する。
ソラは自分に課せられた運命とティーグレに対するゼロの愛に絶望して、エリュシオンを離れようとする。しかし運命はそれを許さなかった。なぜなら世界を恐怖で支配しようとする、ホワイトの具体的な計画が明らかとなったからである。絶望的なエリュシオンの未来を知り、目を背けることができなかった。
Ｘデーが近づくなか、ソラたちは敵部隊に侵入する。それに呼応するかのように、闇の陰謀に立ち向かうべく連邦軍や公安警察の勇士も立ち上がった。しかし、その計画は敵の知るところとなった。窮地に追いつめられたソラたちは、恐るべき結末を迎えることになる。
明かされた第５の予言の全貌とは？
ガイアの救世主とは誰なのか？
裏切り者の正体は？
ソラが手にした第２の鍵とは？
ホワイトが計画した恐るべき陰謀とは？
これらが第２部を通じて明らかにされていく。

エリュシオンから強制的に脱出したソラとリンは、虚無の世界をさまよう。救い出してくれたのは、ふたりのナイトスクールの親友であるレオであった。
レオの助けで地球に戻ったソラは、エリュシオンに出入りするための鍵を失くしたことに気づく。自らの愚かな行為に絶望しながら、地球でエリュシオンの絶望的な未来を想像するしかなかった。
虚無の世界で受けた意識へのダメージと鍵を失ったという絶望感により、心を病んだソラは不眠の日々を過ごす。しかしどうにかして心の傷をいやすと、レオの助けを求めて明晰夢の世界を再訪する。そこで自分とティーグレについて、驚愕の事実を知るとともに、失った鍵をとり戻す方法を教えられる。
ソラが去ったあとのエリュシオンは、暗黒時代を迎えていた。全面戦争に突入したエリュシオンをかりそめの平和に導いたのは、ダークサイドに屈したティーグレとホワイトだった。恐るべき特殊能力を有する双子は、恐怖と絶望で惑星を支配しようとしていた。剣の守り手たちは命を狙われ、立ち上がったラ・ルーの一族も全滅の危機にひんしていた。
悲惨な現状を知ったソラは、鍵をとり戻してエリュシオンを救いたいと願う。だがそれは究極の選択を迫られることになった。もう一度銃殺直前の時空に戻らなければならず、リンの命を危険にさらすことになるからだ。だが意外な人物が、ソラの決断をあと押しすることになる。
エリュシオンに戻ることをあと押しした人物とは？
リンと剣の守り手たちの運命は？
ソラとティーグレとに関わる驚愕の事実とは？
そして、ソラとリンだけに知らされたもうひとつの予言とは？
この第３部ですべての真実が明らかにされ、次元上昇を意図する惑星エリュシオンの最後の奮闘が描かれる。