ついに迎えた中学3年生の3学期。教師たちはぼくらが卒業式で何かしでかすのではないかと戦々恐々とする中、ぼくらは頭を悩ませる。そんな時に、長らく刑務所にいたルミの父親が出所してきた。しかし彼は、刑務所で仕入れてきたという奇妙な話を残して失踪。どうやら大きな事件と関係あるらしい。そしていよいよ卒業式のカウントダウンが始まり、教師たちの厳戒態勢の中、果たしてぼくらがやらかしたこととは!?　

中学を卒業し、それぞれ別々の高校にいったかつてのぼくらグループ。その中の１人、麻衣は、父親がアルコール依存症のため、早くもぐれ始めた。そして学校が始まって１月たち、無理やり瀬戸内海に浮かぶ孤島にある矯正施設へ入れられる。そこは学校とは名ばかりの、暴力がまかり通る地獄だった。麻衣をそこから救い出すため、再び結集したぼくらグループ。しかし、ヤクザまがいの学園スタッフ相手に、果たして救出作戦は成功するか？

新しくぼくらと知り合った塚本が、赤城山にある実家に来ないかと誘ってきた。話を聞くと、塚本の両親は崖から突き落とされて殺されたらしく、さらに塚本家には先祖代々の開かずの間があった。その家に着いた翌日、その日は塚本の誕生日だったが、16歳で死ぬと言われたことのある塚本は恐怖におびえ、まもなく行方不明に。必死で探し回るぼくらが見つけたものとは……。

ルミの父親に元妻から連絡が。金庫破りを手伝え、さもないとルミを誘拐する……。知らせを受けたぼくらは、２Ａ探偵局や元泥棒の七福神とも協力して、ルミを守ろうとする。その結果、背後にいるのは麻薬組織だということがわかった。その矢先、ルミが敵の手に。どうやらポックリ教という宗教団体の本部にいるらしい。はたしてぼくらはルミを救出することができるか？

ぼくら14人は、夏休みに行き先を決めない鈍行列車の旅に出発した。途中の熱海で自殺しそうなカップルを発見し、その二人のあとをつけて静岡へ行く。途中で家出してきた小学生を仲間に入れたり、秘密の手帳をめぐって追いかけてきた殺し屋と戦ったりと、明日は何が起こるかわからないミステリージャーニー。その行き着く先は？