東京湾に突然落ちてきた『ミストルティン魔術学園』。朝木野晃路がここを訪れたのは、留学していたドＳで超お兄ちゃんラブな妹・まつると連絡がとれなくなったためだ。だが、学園内で待ちうけていたのは、強力な魔術器（マギスト）や幻獣を操る生徒たちと、時折落ちてきては学園に追加される、様々な仕掛けや謎を秘めた建築群だった。勝手がわからず魔術探偵の少女・花菱に協力を求めた晃路だったが、彼女は極度の人見知りで――！？

人見知りの魔術探偵・遊形花菱とともに、三代目の行方を追うことにした晃路。だが停学明けの朝、寝起きの視界に入ってきたのは見知らぬ部屋と自分を無言でみつめる妹・まつるの顔だった！？　「今日から兄様も、ここで暮らすことになりますので」　「なんでッ！？」　まつるの兄欠乏症とやらを癒すため、延々つきあわされる晃路。そんな矢先、図書委員の一人が魔導書「万物の書」と姿を消す事件が発生し、調査していた魔窟ギルドのリーダー・犬神群真までが音信不通となる。晃路は花菱とともに調査を開始するが、それは学園の存亡に関わる事件の始まりに過ぎなかった！　学園魔術アクション第二弾登場！　※電子版は文庫版と一部異なる場合がありますので、あらかじめご了承ください

「あなたたちに新パーツを見てきてほしい。そうすべきと感じるのだわ」　晃路と花菱は占術会の会長メオから、落ちてきた『千年樹の宮殿』の探索を依頼される。しかし学内は委員会や部による勧誘合戦（オリエンテーション）の真っ最中。晃路もまつると花菱に挟まれつつ各所を回ったり、水着だらけの競技会に巻き込まれたり、花菱のネコ耳メイド姿を眺めたりと忙しく（？）、なかなか探索に赴けずにいた。だが学園長が『千年樹の宮殿』を宝探しレースの会場に設定したことで事態は一変。突如宮殿からあふれ出した幻獣たちで学内が混乱する中、晃路たちは謎に包まれた宮殿内に突入するが――！？　学園魔術アクション第３弾登場！　※電子版は文庫版と一部異なる場合がありますので、あらかじめご了承ください

「私はお前を止めなくてはならない」　占術会が管理する『紫水の泉』。完全な未来視を可能にするという、その亜空間を三代目から防衛するため、晃路たちは入念な準備を進めていた。学園が協力を依頼した、外部の魔術師団体「同心円同盟」の助力もあり、三代目の野望は阻止されたかに思われたのだが――！？　強力な結界で護られていたはずの学園に、突如来襲する数多の魔術師と幻獣たち。混乱の最中、完全な未来視によって確定されてしまった学園の破滅を、晃路たちは覆すことができるのか！？　過去からの因縁を断ち切り、秘められた謎を解き明かす、学園魔術アクション、クライマックス！　※電子版は文庫版と一部異なる場合がありますので、あらかじめご了承ください