ブレイン・バースト内を暗躍する謎の組織≪加速研究会≫。その総本山≪東京ミッドタウン・タワー≫の頂に鎮座する、≪大天使メタトロン≫。完全無敵の神獣（レジェンド）級エネミーによって守護されている≪加速研究会≫を打倒するため、七王会議が開かれた。　そこで導き出された秘策とは、シルバー・クロウの新アビリティ≪理論鏡面≫獲得作戦だった。　メタトロンの放つ絶対即死極太レーザーにも耐えるアビリティを習得する命を受けたクロウだが、≪心意技≫がイマジネーションによって生み出されるのに対して、≪アビリティ≫は行動をトリガーに発現する。そのため、今までのハルユキの強いイメージだけでは、≪理論鏡面≫アビリティは習得できない。　いっこうに糸口が見えないハルユキに対し、≪アーダー・メイデン≫こと四埜宮謡が哀しい過去を語り始め──。

≪大天使メタトロン≫打倒のため、シルバー・クロウは新アビリティ≪理論鏡面≫獲得ミッションに励んでいた。四埜宮謡の助言もあり、ようやくその光明が見えはじめたハルユキだったが、突如現れた謎の最強≪レベル1≫アバター≪ウルフラム・サーベラス≫との交戦により、ミッション成就は今だ果たせない。　そんな状況の中、≪チョコレート装甲≫を持つ、小さな貴婦人アバター≪ショコラ・パペッター≫がハルユキの前に現れた。　彼女により、シルバー・クロウは待望のアビリティを得ることに── !?

新アビリティ≪光学誘導≫を獲得したシルバー・クロウことハルユキ。ようやく≪メタトロン≫との決戦の準備が整ったにみえたが、戦いの舞台は梅郷中学の文化祭へとうつる。　≪スカーレット・レイン≫ことニコと、≪アッシュ・ローラー≫こと日下部綸に文化祭の招待状を渡してしまったハルユキは、黒雪姫の氷属性なオーラに脅えながらも、クラス展示班の仕事を他のメンバーと協力してやりとげ、ハルユキは文化祭本番への期待に胸をふくらませる。── しかし、加速世界に混沌を広めんとする≪マゼンタ・シザー≫の魔手が、思わぬ方向から迫りつつあった。

梅郷中学の文化祭にて。ハルユキからチケットを受け取った女の子たちと、それを知った黒雪姫の視線によって、盛大な火花が散らされている中。文化祭は、みんなの頑張りをかたちにし、賑やかに進んでいた。　しかしそのさなか、前日≪マゼンダ・シザー≫の手によってＩＳＳキットを寄生させられていた綸が倒れてしまう。緊急事態を受けて、黒雪姫たちはＩＳＳキット本体を護る≪大天使メタトロン≫討伐ミッションを決行する。　万全の戦力で臨むため、まずは≪アクア・カレント≫救出に挑むハルユキたち。だが、帝城東門で待ち受けていた≪四神セイリュウ≫の猛攻に、一行はたちまち傷ついていく。　そんな中、セイリュウ最大最凶の攻撃、≪レベルドレイン≫の恐怖がハルユキに迫る――！

神獣級エネミー《大天使メタトロン》を撃破したハルユキ。この世界を汚染する≪ＩＳＳキット≫本体の破壊まであと少し……と思った矢先、加速研究会メンバー、ブラック・バイスとアルゴン・アレイが現れ、赤の王スカーレット・レインを拉致してしまう。　ニコを守ると約束したハルユキは、戒めを解かれた大天使メタトロンの加護を受け、ブラック・バイスを追跡する。　いっぽう黒雪姫は、現実世界からニコの回線を切断するため、楓子、謡、あきらとともに、ミッドタウン・タワーのポータルへと向かうが……。