『一端覧祭』 本番を迎えた学園都市。　楽しげな人々の喧騒と賑やかな雑踏の音が響く。　同じ頃、街の裏側で起きている 『事件』 も始まった。　アレイスターの本拠 『窓の無いビル』 から彷徨い出た 『不死の少女』 フロイラインを巡り、怪物達が集結する。　魔術と科学の混成組織 『グレムリン』 からは、霊装製造者マリアンと雷神トール。　魔術サイドからは、『聖人』 ブリュンヒルドとシルビア。　学園都市からは、『超能力者』 一方通行、麦野沈利、そして御坂美琴。さらに、もはや 『ヒト』 の枠を超えた垣根提督。　あらゆる“最強”が同時多発決戦を起こし、怪物達が巻き起こす嵐は 『一端覧祭』 開催中の学園都市を包み込む。　その中で。重傷を負った“最弱”上条当麻が、フロイラインを追って走る──！

上条当麻が目覚めた場所は『暗闇の密室』だった。彼をそこに送り込んだのは、土御門元春。学園都市に潜入した敵性魔術師が、霊装で学園の壊滅を狙っているらしい。　大規模術式発動阻止の『使命』を受けた上条は、残り数時間で『暗闇の密室』から抜け出した!!　――のだが、目の前に広がったのは、名門お嬢様女子校の更衣室で……。　ド変態の烙印を押され、女学生たちから追われる中、必死で霊装探索を行う。　御坂美琴にも発見され、ついにチェックメイトかと思われたその瞬間……“幸運”にも、救いの手がさしのべられた。　常盤台中学、第五位の超能力者『心理掌握』の食蜂操祈。　この出会いは、偶然の産物か、それとも『何者か』による必然の産物か――。　科学と魔術が交差するとき、物語は始まる！

全世界を、陰から操る『グレムリン』。その科学と魔術の融合組織が起こした様々な『脅威』——ハワイでのテロ行為、バゲージシティでの『実験』、学園都市に眠る『不死の存在』の奪取——には、全て理由があった。　『グングニル』。　魔神オティヌスの最終目的であるその神槍製造を止めるため、『魔神になり損ねた男』オッレルスは、姿形を雷神トールと偽り、『グレムリン』の本拠地・サルガッソーへ侵入、調査を開始する。　世界崩壊のカウントダウンは、間近に迫っていた。　ところで一方の上条当麻なのだが、彼が朝自宅で目覚めたら、幼い少女にエロい少女が同じ布団に入っていた。　うーんやっぱそうだよな！　世界の危機が迫っていても上条サンはそうだよな！　な第８巻登場！

オティヌスの支配は、成就した。　闘いの舞台であるグレムリンの本拠地、東京湾上に浮かぶ『船の墓場』は消失した。それどころか、世界そのものも消えて無くなった。共に来たインデックスも、御坂美琴も、レッサーやバードウェイ達も当然消えた。　統一された闇の空間。黒一色のそこに、上条当麻だけが残されていた。その理由は、ただ一つ。世界の基準点であり修復点でもある『右手』を持つからだった。　神と成ったオティヌスにとって、上条当麻はすでに微塵も興味の無い存在となっていた。いつものように、ここから彼の逆転劇が始まる可能性は、全くない。　ここはそういう『世界』だった。　そして。　そして。　そして。　これは、上条当麻の心を挫く物語。

魔神オティヌスを救うため、全世界を敵にまわした上条当麻。　今まで頼もしい味方だった、指折りの権力者、超能力者、魔術師、それらすべてが“強敵”として上条に襲いかかってくる。　この闘いは、上条の人生の中でも生存確率がもっとも低く、もっとも絶望的だと思われた。　……つまり、上条が帰った世界は、まるで『あの地獄』と同じ光景だったのだ。　だが彼は屈しない。今度は一人ではなかったから。　オティヌスを全世界から救う方法。それは『魔神オティヌスの無力化』だった。　魔神から人に戻るためには、デンマークの古城にある『ミミルの泉』から魔神の片目を取り出す必要がある。　さあ、目的は決まった。　上条は戦う。たった一人の少女の命と笑顔を守るために。