陰陽師は名探偵！　安倍晴明とタイムスリップ探偵団

今回、香里、拓哉、亮平の３人組がタイムスリップしてしまったのは、文治元（1185）年、壇ノ浦の戦いの前夜、源義経が地図を前に作戦会議を開いているところだった。以前義経と一度遭遇している３人組は再会を喜んだのも束の間、義経と間違われた香里が平氏方に拉致されてしまう。女性であることをひた隠しにしている義経は、いらぬ嫌疑をかけられないためにも、平氏から香里を救出しなくてはならないが……。

今回、香里、拓哉、亮平の３人組がタイムスリップしてしまったのは、慶長十九（1614）年、大坂冬の陣を目前にした高野山ふもとの九度山村。徳川方との戦いを決めたと豊臣秀吉から連絡を受けた真田幸村が、村を出て大坂に向かおうとしているところだった。幸村の息子幸昌は偉大なる父からこの機に何とかして認めてもらおうとチャンスをうかがっていたが、香里たちがまぎれこんできたために、事態は思わぬ方向へ転がり始める！

戦国時代のゲームで遊んでいた拓哉と亮平は、訪ねてきた香里と一緒にまたもや時空を超えてしまった。しかもタイムスリップした先も戦国時代で、桶狭間の戦いで遭遇していた織田信長と再会を果たす。武田勝頼との長篠の戦いに突入しようとしていた信長が、武田騎馬軍団を倒すために、香里たちにある重要な任務を命じたことで、家康、秀吉も入り乱れての大混乱を引き起こすはめに！

平安時代末期へとタイムスリップした香里、拓哉、亮平は平忠盛、清盛親子と遭遇。海賊退治のために瀬戸内海へ向かう船に乗せてもらうことになる。そこへ、タイムスリッパーを取り締まるタイムパトロールが現れて一騒動となるが、さらには敵対する海賊の頭領によって忠盛が連れ去られてしまう。少年清盛は、早速香里たちと救出に向かうのだが……。

本能寺の変で織田信長が明智光秀に討たれたとき、徳川家康は大坂の堺にいた。主君の敵（かたき）をとろうと、すぐさま京都へ向かおうとした家康だったが、側近の者たちは押しとどめた。ここはいったん三河国（みかわのくに）へ戻って態勢を整え、戦の準備をしたほうがいいというのである。そこへタイムスリップしてきた香里、拓哉、亮平も加わって、領地へと戻るべく伊賀の山を越えようとするのだったが……。