二〇一九年八月。　地球上の、いくつかの都市部に、人類が初めて接触する地球外有機生命体が複数落下した。のちに《サードアイ》と呼ばれるその球体は、接触した人間たちに、現代科学では解明できない《力》を与えた。　ある者には、音さえ追い越す《速さ》を。ある者には、鋼さえ断ち切る《刃》を。そしてある者には、万物を噛み千切る《歯》を。　十七歳の少年、空木ミノルもその中の一人だった。彼がただ一つ望み、そして得た能力。　それは《孤独》。　絶対的な孤独を実現するその≪力≫は、しかしミノルを望まぬ戦いに巻き込んでいく。　平凡だが平穏な義姉との暮らし。そのひとときが壊されるとき、ミノルは絶対なる≪孤独者（アイソレータ）≫として覚醒する――！

謎の地球外有機生命体に寄生された少年・空木ミノル。　彼は自身の能力≪孤独≫を武器に、人類の敵≪ルビーアイ≫にからくも勝利する。　その日、ミノルは≪加速者≫ユミコから、≪組織≫へ誘われる。組織の役割とは、人間に危害を加える≪ルビーアイ≫能力者の撲滅だった。共闘を依頼されたミノルは、加入するかわりに、あることを要求する。　それは、彼自身の≪存在≫の消去。　ミノルは、≪誰も自分のことを知らない世界≫を追い求めていた……。　彼の次なる敵は、最も危険で狡猾な相手、≪酸素≫を操る≪発火者（イグナイター）≫。　絶対的な≪孤独≫を抱く少年による、闘争の日々が幕を開ける――！

「私は、≪特課≫の人たちが好き。お願い、ミノルさん。みんなを守って」　凶暴なルビーアイ二体を倒すことに成功した≪孤独者（アイソレータ）≫ことミノルは、同じような能力を持つ≪味方≫が集まる厚生労働省安全衛生部特別課――通称《特課》にスカウトされる。　≪特課≫最強の能力者といわれる《屈折者(リフラクター)》小村スウとコンビを組んだミノルは、敵の隠れ家に侵入する作戦に挑む。そこで目撃したのは、最強最悪の敵《液化者(リキダイザー)》の意外な正体で……！　絶体絶命の窮地に陥ったミノルとスウの運命は……！

敵組織《ルビーアイ》最強の能力者《リキダイザー》の罠に嵌まりながらも、絶体絶命の危機から脱出したミノル。しかしその代償として、《リフラクター》小村スウは瀕死の重傷を負ってしまう。《孤独者》のコードネームを冠するミノルは、以前は《みんなの記憶から消えてしまいたい》という願望を持っていたが、スウとの共闘、同級生・箕輪朋美との再開や、母親代わりの義姉・典江との交流によって、この世の中に自分が存在する意味を見出し、スウの回復を祈るのだった。しかし、そんなミノルの心の変化を、世界は待ってはくれない。メンバーを欠く《特課》に危険な影が忍び寄る。《刺撃者》――。正体不明、目的不明の敵に、ミノルとユミコが挑む！

　正体不明のルビーアイ《刺撃者》。同じルビーアイにさえ牙をむく最凶の敵と、ミノルたち《特課》、そして《組織》の三つ巴の戦いは、熾烈なものとなった。
　辛くも《刺撃者》を退け、組織のルビーアイ《凝結者》を捕獲したミノルだが、平穏な日常は未だ遠い。組織の重要人物、《液化者》が姿を現したのだ。
「トランサーを救出したい。彼が殺されてしまう前に」
　彼女は《刺撃者》の情報と引き換えに、ミノルにある取引を持ちかける。
　ルビーアイ最強とも評される《液化者》と、《孤独者》ミノル、敵対する二人の共闘が始まる――！