平成26年の大晦日。季節はずれかつ未曾有の超大型台風の直撃を受けた日本列島。そして一夜明けた平成27年の元旦、突如消滅してしまった台風が日本列島に残したのは、恐るべき超常現象だった。国内は21世紀の社会状況を保ちつつも、日本を取り巻く世界情勢は太平洋戦争末期に逆戻りしていたのだ。 昭和20年、敗戦寸前の時代に放り込まれた平成日本。しかも1月3日は、ルメイ少将の指揮するB29の戦略爆撃隊が日本本土への無差別爆撃を開始する日だった。史実どおりなら敵機襲来まであと一日。自衛隊の戦力をもってすれば、撃退するのは容易だが、日本政府は戦いを避ける道を選択する。タイムリミットが迫る中、日本は在日米軍を通じて米側に事態の認識を促すべく画策するも失敗。ついに現われたB29に向かってイージス艦『きりしま』のSM3艦対空ミサイルが放たれた! 異才が発する新奇想戦記ここに発進!!

平成27年の年明け早々、日本列島は超常現象に巻き込まれ昭和20年にタイムスリップしてしまった。折しも太平洋戦争末期、アメリカは日本本土への無差別爆撃を計画。相手が21世紀の日本と入れ替わってしまったことを知る由もないアメリカは、B29の戦略爆撃団を日本に向けて発進させた。海空自衛隊はイージス艦のSM3対空ミサイルとF15戦闘機によって迎撃を試みるが、ついに一機が東京上空に侵入、首都防衛に失敗してしまう。被害は軽微ではあったが、未来の兵器が決して万能でないことが証明されてしまったのだ。このまま戦いが続けば3月には沖縄進攻が始まってしまう。沖縄を守るのは旧日本軍。そして彼らもまた事態を認識していない。沖縄を救え――戦争続行やむなしとの結論に至った日本は専守防衛のいましめを解き、自ら攻勢に出ることを決意、マリアナの戦略空軍基地を叩くべく作戦が動きだした。

驚異の超常現象に巻き込まれ、敗戦寸前の昭和20年に放り込まれた平成日本は、国土防衛のためアメリカ軍と戦うことを決意した。硫黄島へ、沖縄へ、そして本土へと襲い来る強大なアメリカ軍を、陸海空自衛隊は70年の時空を超えた兵器によって撃退していく。だが、国内では生産できない対空兵器の枯渇によって、戦局は次第に膠着状態に陥ってきた。このまま事態が進み、原爆の悲劇が再び繰り返されてしまうことを恐れた首相の真田は、長距離大型旅客機にある秘策を載せて米本土に向かわせる。その策が功を奏し、徐々に講和を模索し始めたアメリカは、遂に副大統領トルーマンの決断によって、東京での講和会議に臨むことに同意した。だが、戦争継続に執着する米太平洋艦隊司令官ニミッツは政府に造反。講和をぶち壊すべく、全太平洋軍に対して会議当日の東京総攻撃を命じた!超時空奇想戦記、完結編。