世界にたった一人の存在、魔法工学師（マギクラフト・マイスター）。その後継者に選ばれた二堂仁は、転生先の研究所から転移門（ワープゲート）で外出を試みた。生憎の暴走によりカイナ村へと飛ばされてしまった仁を捜索せんと、いま研究所から自動人形（オートマタ）が旅立つ！　仁と自動人形との再会や如何に？

世界にたった一人の魔法工学師（マギクラフト・マイスター）二堂仁の新たな冒険の地は、エゲレア王国の経済の中心、城塞都市ブルーランド。今回の物語は、魔法工作士（マギクラフトマン）の少女ビーナの商品に仁がケチをつけてしまったことから始まる。ひと悶着ののち仁は、病気の弟妹を治すべく資金作りをしているビーナに知恵を貸すこととなるが、生み出されるアイデアはやはり一足飛びで……。舞台を都市部に移し、庶民に優しい価格帯の魔導具を露店販売！　第二幕はお待ちかねの商業パート！

マギクラフト・マイスター二堂仁は港町ポトロックで少女マルシアと出会う。彼女に頼まれゴーレム艇競技参加の協力者となるが、影ではそれを良しとしない存在が怪しい動きを始める……。今回は「造船」に挑戦だ！

仁と礼子は、ラインハルトに会うためエルザと共にエリアス王国の首都ボルジアを目指す。立ち寄る町ごとに新しい表情を見せるエルザ、拗ねる礼子。魔法工学師の珍道中が始まる！　待望の旅パート、開幕です!!

魔法工学師・二堂仁はラインハルトを崑崙島へ招くためにブルーランドに到着した。崑崙島への転移門（ワープゲート）の準備も終わり、ビーナも加えた仁たち一行は、転移門を通って崑崙島へ向かうのだった……。