サン・フルーヴ帝国医薬大学校の教授となったファルマはすっかり大学に馴染み、そして加速度的に日々の多忙さは増えていった。
そんな折、ファルマは大神殿による自身への度重なる干渉に決着をつけるべく、女帝エリザベート二世たちと共に神聖国へ向かう。
そこでファルマは、この“異世界”に隠された真実のひとかけらを、そして神聖国の大神官が辿る呪われた運命を知ることになるのだった。
時を同じくして、ファルマが不在となったサン・フルーヴ帝都にも異変が起き始めていた。それまでほとんど帝都に姿を現すことのなかった悪霊が、突如として大量に発生したのだ。
悪霊に立ち向かうエレンは、ある一つの仮説に思い至り戦慄する。この未曽有の大惨事は、ファルマの力の“揺り戻し”ではないか、と――。

世界規模で発生した悪霊の被害は、サン・フルーヴ帝都にも拡大していた。神殿や大神官、守護神、神術、そして多くの代償を強いる禁術——そのすべてが悪霊に立ち向かうために必要なものだったと痛感したファルマは、今一度自分がこの世界でなすべきことを模索する。
そして、女帝やエレンたちに降りかかった“呪い”を解くべく、ファルマは現代の医学知識を用いながら研究室の学生エメリッヒらと共に研究を進めた結果、その意外な正体を見つけ出した。大切な人たちを救う治療方針が見えて安堵するファルマだったが、一人の学生を襲った病が、彼の運命を変えていくことになる。
「覚えられないの……。ここ最近、何も覚えられなくなってしまったんです！」
診眼は、ファルマの持つ現代の医薬知識でも助からないと無情にも告げる。
諦めきれないファルマが、その学生の命を救うために取った行動とは——。

異世界薬局の常連客であるジャン提督率いる新大陸探検隊は、ファルマから通信技術や衛生面の手厚いサポートを受け、ついにマーセイル港を出発した。
それを見送ったファルマは、領地や製薬工場の視察、やり残していた聖帝の神脈再開、そして霊薬バテラスールの調合によって呪われていたパッレとエレンの解呪、さらには大規模な神術演習への参加など、目まぐるしい日々を送っていた。
しかし、そんなファルマに予想外の報告がもたらされる。なんと、ジャン提督たちとの通信が途絶してしまったのだ。
救助のため、パッレ、エレン、そして神力を取り戻した聖帝エリザベスとともに新大陸へと向かったファルマは、その地で不思議な力を使う一人の少女に遭遇する。
その少女の能力と相対した時、ファルマの薬神紋に思わぬ異変が――!?

ファルマから薬神紋を奪い物質消去の力を得た、新大陸の少女メレネー。
だが、一歩間違えれば大惨事を引き起こしかねないその強大な力は、彼女の手に負えるものではなく、ファルマは密かに対策を講じる。
結果としてファルマに救われたメレネーは、ファルマたちとの和解の道を選び、サン・フルーヴ帝国と交易が行われることになった。
その後、今度はメレネーが帝都を訪れる。観光などを通じてお互いの仲を深めていったファルマは、彼女にこの世界の成り立ち、そして自分がなすべきことを相談する。
メレネーの提案で、再び異界の研究室を訪れることになったファルマは、そこで自分の知っていた地球の歴史が変わっていることに衝撃を受ける。
さらに、ファルマは思わぬ人物と研究室で邂逅するのだった――。

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