一九四一年十二月七日、真珠湾攻撃の前日。宿毛湾では戦艦「大和」の公試運転が行われていた。世界最大最強の戦艦がその偉容を示す中、海面下には不穏な影が蠢いていた。一方、欧州では空前の好景気に沸くイタリアが参戦を拒否。大西洋では米駆逐艦がUボートを撃沈し、米独戦の火蓋が切って落とされた。緊迫する世界情勢の中、真珠湾に向かう帝国海軍第一航空艦隊は、航行中に米太平洋艦隊に捕捉されてしまい――。日本は絶体絶命の窮地を覆すことができるのか？　「大和」なき皇国の反攻を描く新シリーズ、ここに開幕。

公試中の「大和」沈没という逆境の中、ハワイ沖海戦に勝利した第一航空艦隊。日本はその勢いのまま南方作戦を完了した。作戦の第二段階として、連合艦隊首席参謀・澄川道男は撃ち漏らした米空母撃滅のための秘策を立案する。一方、アメリカはイギリスに再三の対日参戦を要求するも、対独戦の激化を背景に拒否を受ける。ソ連も対独参戦を保留、欧州戦線は膠着する。痺れを切らした米太平洋艦隊は、戦力を真珠湾に集結し反攻を開始。グアム沖にて史上初の空母決戦が幕を開ける！

グアム沖海戦にて空母三隻を失った米太平洋艦隊は豪州領ビスマルク諸島に布陣。航続距離に優れたＢ１７によるトラック諸島爆撃を敢行する。爆撃機の性能面で劣る日本軍は、ビスマルク諸島へ水上砲戦部隊を投入する。一方、欧州戦線ではドイツがイギリス本土への上陸作戦に失敗。守勢に回り、戦力にも疲弊が目立ち始める。欧州前戦が風雲急を告げる中、連合艦隊は麾下の戦力を集結。夜闇に紛れ、ビスマルク諸島の要衝を急襲する！

日本軍は第三次ビスマルク海戦に敗れ、ビスマルク諸島の制圧に失敗。以降、機動部隊で米輸送船団を叩くことで、補給線寸断を狙う戦略を採る。しかし、対する米国もトラック島沖にて日本輸送船団を攻撃し、戦局は膠着の一途を辿っていた。一方、欧州戦線では米英ソの三国を一度に相手取るドイツに疲弊が目立ち始める。中立を守るイタリアを動かすため、米軍はマルタ島に進出。外交戦が活発化する中、ソロモン島沖にて輸送船を狙う連合艦隊と、防衛にあたる太平洋艦隊がついに激突。巨大空母四隻による一大決戦が幕を開ける。両陣営、新型戦闘機を導入した戦いの行方は――？

空母二隻を失った日本軍は、戦闘機「剣風」を量産し反撃の機会を窺う。だがその最中、米太平洋艦隊は戦略方針を転換。フィリピン奪回への布石として、ニューギニア島の陸軍第一八軍を猛攻する。一方、欧州ではドイツが米英の爆撃により弱体化。対日参戦に難色を示すイギリスは、アメリカとある密約を交わす。さらにイタリア・マルタ島上空には、英重爆撃機が出現し……。混沌が大陸を包む中、連合艦隊は壊滅寸前の第一八軍を救出するため、ニューギニアへの突入を決定。二倍以上の戦力差を前に、皇国の命運は――？　そして柱島泊地にはあの巨艦の姿が！