シンディックとの境界宙域の星系を理由もなく攻撃した黒い艦隊を追い、ヴァランダル星系内へとジャンプしたギアリーの艦隊は、星系内の監視システムを混乱させ、アンバルー宇宙ステーションを破壊しようとした黒い艦隊をかろうじて撃破した。だが、この黒い艦（ふね）すべてを葬らないかぎり、アライアンスに平和は訪れない。ギアリーは黒い艦隊の秘密基地を突きとめ、破壊することを決意するが……戦争ＳＦの最高峰、第２部堂々完結。

黒い艦隊の侵攻を防いだジョン・ギアリー元帥とアライアンス艦隊は、使節団の護衛という名目で、ミッドウェイ星系へ赴くことに！

ギアリーと星系同盟（アライアンス）艦隊は、人類の支配宙域の辺縁のミッドウェイ星系にいた。ここでの任務が完了しだい、リーセルツ大使率いる使節団とともにダンサー族の宙域へと出発する。だが、そこへ赴くには人類に敵対的な“謎の種族”の支配宙域を通過する必要がある。果たして、出発したギアリーたちを謎の種族の艦の大群が待ちかまえていた！ そのうえ、ギアリーの命を狙う陰謀分子が、艦隊内部にも潜入していると判明するが!?

ギアリー率いるアライアンス艦隊が未踏星域へ旅立ってのち、ミッドウェイ星系では、圧政を強いるシンディック体制を打破すべく、二人の司令官が立ちあがった。防衛を統括する女性司令官のイケニは、星系内に駐屯する機動艦隊から指揮権を奪い、陸上軍司令官のドレイコンは、暴虐行為を繰り返す内政保安局（ＩＳＳ）を武力制圧する計画だった。だが二人の行く手には、裏切り、密告、反逆などによるさまざまな障害が待ち受けていた！

シンディックの小艦隊を追い払い、謎の異星種族の艦隊を撃破したアライアンス艦隊司令長官ギアリーは、ミッドウェイ星系への連絡士官として、巡航戦艦〈ドラゴン〉の艦長ブラダモントを派遣した。ブラダモントから、ヴァランダル星系にミッドウェイ星系所属艦艇の乗員が多数捕虜として収容されていることを聞いたイケニ大統領は、捕虜引き取りのために小艦隊を派遣する。だが、その行く手には怖るべき罠が待ち受けていた。