――犬吠ミサキに噛みつかれるな！　噛みつかれれば、寿命が縮む。――そんな不名誉な警句が囁かれるほど過激に元気な女子高生のミサキは、一般人ながら超お金持ち音楽学院に通っている。ある日、学院中の肖像画が破られる事件が起こり、ミサキの親友のキリカが疑われてしまう。けれどミサキはキリカが犯人だなんて信じられず単身解決に乗り出すのだが、逆に黒尽くめの怪しい少年に捕まってしまった!!　どうやらミサキが持つあるものには、世界を揺るがす力が秘められているらしく……？　ありふれた毎日が一発逆転する、ミサキのジェットコースター・ストーリー開幕！

発表会を目前にして、ミサキはスランプに陥っていた。ピアノを奏でる10本の指がまるで言うことをきかず、演奏ができない。おまけに、事件以来もう縁が切れたと思っていた清十郎が学院に転校してきてミサキを四六時中見張っているし、敵だか味方だかイマイチ分からない尾白先輩も変わらずまとわりついてくる。そんなミサキの演奏パートナーになったのは、無口な転校生の風祭いづな。無遠慮な男たちは放っておいて、いづなとの交流を深めようとするミサキだけれど……。ミサキが手に入れた「全ての願いを叶える」旋律の力が、またもや思わぬ事件を引き起こしてしまうのだった！

「全ての願いを叶える」旋律の力を使った陰謀を阻止したミサキと清十郎、そして麻人。そのまま清十郎はファネス音楽学院に残り、ちょっといびつながらも平和な生活が続くかのようにみえた。そんな時、飛び込んできた学校封鎖の知らせ。学院は国の手に渡り、ミサキたち生徒は退去しなければいけなくなったのだ。納得のいかないミサキたちは抵抗するけれど、その裏では国を超えたさらなる権力が動いていた……。そして暴走を始めるミサキの旋律。清十郎に課せられた最後の任務――「犬吠ミサキを、抹殺せよ」――。ミサキと清十郎の間に結ばれた絆が今、再びほどかれていく！