尖閣を巡る領土問題、歴史認識問題、そして首相の靖国参拝。日中の関係は、国交正常化以来《最悪》といわれるところまで冷え込んでいた。双方の国民感情も爆発寸前の中、ついにある事件が長崎で起こる。元自衛官を中心にしたグループによる中国総領事館占拠と、中国高官の子どもたちが乗る飛行機のハイジャックだ。自ら七七義勇隊を名乗る犯人らに対し、穏便な解決策を探る日本政府。激怒した中国は、海軍を日本へと進める――。一触即発の現地では、西方普連に異動となった司馬、そして土門を隊長とする新体制《サイレント・コア》部隊が動き出すが……。新シリーズ開幕！

ハイジャックされた春暁航空８８８便と、長崎中国総領事館を乗っ取った犯人グループは、同時刻に双方が自爆した。結果、飛行機に乗っていた中国高官の子供たち約百名、総領事館にいた副首相夫人など、多くの犠牲者が出た。その様子は、リアルタイムで全世界に配信され、中国メディアはしきりに開戦を煽り立てる。一方、《サイレント・コア》部隊は、謎の敵から襲撃を受け、本体は千葉の山中に、姜彩夏三佐が率いる小隊は長崎へ足止めされるという異例の事態に。そんな状況下で、中国軍がとうとう五島列島の福江島に上陸し――？

総理大臣の引責辞任の甲斐なく、激昂した中国軍は戦闘機を出し、九州の自衛隊基地を爆撃。長崎福江島のレーダー・サイトも破壊され、第一戦は中国軍の完全勝利となった。結果、中国軍が上陸した長崎県は、国の許可なく「非武装都市宣言」を行う事態に。一方、応戦する自衛隊は、住民被害を出さずに戦うというハンデを背負い、またテロ・グループにも気を配らなければならず、苦戦を強いられる。そんな中、《サイレント・コア》部隊は、福江島から撤退した姜小隊、そして千葉で隠密活動を続けていた原田小隊も漸く長崎入りし、ある作戦の元、動き始めた――。中国との熾烈な鍔迫り合いの行方は？