2015年4月6日、沖縄を含む南西諸島をマグニチュード8.5 の大地震が襲った。その直後、与那国島の南部沖に巨大な新島が出現。事態は、領有権を巡る周辺国との一触即発が懸念される状況となった。マラッカ海峡の海賊掃討に向かうため近海を航行していた海上自衛隊特別派遣艦隊は現場に急行する。本土との通信が途絶え、周囲には戦時中の暗号電が飛び交う状況に、艦隊司令の津島海将補は調査を実施。だが、その時すでに沖縄地方は70年の時を越え、太平洋戦争末期へと時空転移していた。時は4月6日、沖縄は米軍の大攻勢の前に風前の灯火。片道特攻に出撃した菊水部隊の旗艦『大和』が撃沈される、まさにその前日だった。沖縄には陸海空自衛隊も在日米軍もいる。しかし米軍を迎え撃つには、それだけでは心許ない。津島海将補は菊水部隊と共同して米軍にあたることを決意、『大和』を救うべく艦隊を坊ノ岬沖へ向かわせた…。

太平洋戦争末期の沖縄にタイムスリップした海上自衛隊のイージス護衛艦隊は、片道特攻に出撃した戦艦『大和』擁する菊水部隊の救出を決意。ヘリを飛ばして、旗艦『はくば』の防空班長・上坂一尉と戦史マニアの須貝二曹を派遣した。これから起きる戦闘の経緯と防空体制の徹底を二人から助言された菊水部隊司令長官・伊藤中将は逡巡の末、支援を受諾する。直後に始まった米艦載機群の来襲に、自衛隊は戦闘ヘリの空対空ミサイルで対抗。菊水部隊も敵機群を対空砲火で撃ち落とす。だが敵の攻撃は執拗だった。波状攻撃によって徐々に危地へと追い込まれる菊水部隊。戦闘海域に急行するイージス艦隊は、果たして『大和』を救うことができるのか？一方、在沖縄米軍のハワード准将は、旧軍と交渉すべくジャンボ機でサイパンに向かう。しかし、ハワードを出迎えたのはスプルーアンス艦隊の苛烈な高角砲の洗礼だった。

沖縄特攻に出撃した菊水部隊の旗艦『大和』を沈没から救った海上自衛隊イージス護衛艦隊。だが、歴史に介入してしまった彼らを待っていたのは、後戻りのできない死闘だった。旧アメリカ軍と戦う理由はないが、戦わねば21世紀の沖縄を守ることはできない。それは自衛隊にとって理不尽な戦いだった。イージス艦隊は、襲い来る敵航空戦力を殲滅。航空自衛隊と海上保安庁の巡視船は、敵艦隊のピケットラインを撃破し、米軍の上陸作戦を足止めさせることに成功する。だが、史上空前の大艦隊が生き残っている限り、沖縄の未来はなかった。護衛艦隊と菊水部隊は敵艦隊に止めを刺すべく、さらに進撃。そして『大和』は『アイオワ』以下14隻のアメリカ戦艦群と世紀の打撃戦を行なうべく、突撃を開始した……。戦艦同士の砲弾飛び交うなか、未来への帰還を願う自衛隊は、異空間から抜け出すことができるのか？迫力の最終章。