私立天乃川学園──そこには異世界ゼラに広がる、巨大地下迷宮攻略を目指す生徒達が集う。実際にダンジョン攻略を行う「攻略科」では、大規模サークルやパーティーを組んで未踏のダンジョン制覇を目指していた。今年「攻略科」に入学した荒田維留もまた、蒼髪の美少女で多彩な魔法を操る天才魔術師の星沢織姫や、クラスメイトたちとパーティーを組み、未開のダンジョン踏破に向かう！

体内に魔神を封印していることを知られた維留は、能力の暴走を恐れる学園の魔術師たちから退学を迫られていた。学園に残るためには、魔神の能力を制御できることを示さねばならず、維留は攻略不可能とされている「難攻空洞」に巣食う４０Ｍ級のモンスターを攻略することで魔神使いとしての能力を明らかにしようと決意する。丁度その頃、大手ギルド連合も同じ迷宮の攻略を予定していた。ギルド連合を指揮するのは「ウィザード研」のアンジェリカ・メイプルワース。彼女は維留を退学させようとしている急先鋒だった。維留たちはギルド連合より先に攻略するために、学園長からのお目付け役である結城直希と、クラスメイトの百瀬優奈をパーティーに加える。　タイムリミットは72時間。いざ迷宮攻略へ！

新たな迷宮を攻略中の維留たちは、ゴーレムの闊歩する街へとたどり着く。そこで、巨大な弓を操るエルフの美女フィオネラと出会い、街の住民を苦しめるゴーレムを討伐することを決意する。同じく攻略を目指していた学園の大手ギルドとも共闘することになり、部隊を編成して迷宮へと向かう。スナイパーの少女・林檎をパーティーに加え、順調に攻略を進める維留たち。しかし、獣型ゴーレムの強襲を受けて、維留はパーティーから分断され底の見えない崖下へと落下してしまう。そしてその先で維留が見たものとは……。