昭和20年4月6日、沖縄特攻に向かう大和の艦橋で伊藤整一中将は暗澹たる思いだった。思えば二年数カ月前、ミッドウェーでの失策で大敗を喫して以来、帝国海軍は敗戦の連続で凋落の一途を辿り、その結果が今回の片道特攻となったのだ。濃霧の中を進む第二艦隊は、突如現れた米航空隊に攻撃を受ける。倍増された高角砲で敵機を殲滅した大和だが、その時すでに艦隊は、昭和17年のミッドウェーに移動していたのだ。史実と異なり、第一艦空艦隊の前に出ていた大和は米機動部隊を補足し、敵正規空母二隻を轟沈。さらにミッドウェー環礁の上陸占領に成功した。伊藤は、居並ぶ先任提督達を前に悲惨な終末を迎えつつある史実を告げ、戦局を打破するための秘策を考案。米国がその工業力をもって挽回に出る前に彼らを本土西海岸まで追い返し、太平洋を完全制覇するべく、昨戦を発動するが…。

2年10カ月の時を遡り、海戦直前のミッドウェー海域に現われた最終兵装大和は、針鼠のごとく強化された対空火力と、未来の史実を知る伊藤整一中将の提言によって、帝国海軍連合艦隊を勝利へと導いた。ミッドウェーを占領した連合艦隊は、再び真珠湾を攻撃し、ハワイの基地機能壊滅に成功。さらに南太平洋の資源と安全を確保するため、英連邦の一員として参戦しているオーストラリア、ニュージーランドを連合国側から脱落させる作戦に出た。一方、米豪間を結ぶ拠点と空母機動部隊を失い、オーストラリアへ追い詰められた太平洋艦隊司令長官ハルゼーは、陸軍司令官マッカーサーとともに奇跡の逆転を狙った奇策を考案、小沢中将麾下の機動部隊を待ち受ける。陸海の総力を挙げる米軍と豪州陥落を目指す連合艦隊、その激戦の行方は。

昭和20年から時空を超えてやって来た大和を筆頭とする第二艦隊司令長官・伊藤整一中将の叡智によって、ミッドウェー・ハワイを制圧した帝国海軍連合艦隊は、さらに米豪を分断、南太平洋の制海権を握ることに成功した。勝利に湧く連合艦隊だったが、アメリカの工業生産力の凄まじさを熟知する伊藤中将は、米国を完膚なきまで打ちのめさないかぎり皇国の勝利は有り得ないと明言した。連合艦隊首脳部は、大西洋からの艦艇物資ルートを断つべくパナマ運河攻略を決定。だが米側も運河防衛を最優先とし、太平洋側の戦力を集結させて徹底抗戦の体制を敷いていた。攻撃のチャンスは一度きり、失敗は許されない。用意周到に多重構造の陽動作戦を展開する日本。一方、米国は陸海もろともに命を賭した一大反攻を画策していた。