世界の裏側で暗躍する《魔術師（メイジ）》。魔法の力の源となる《魔晶石（クォーツ）》を求め、日夜抗争を繰り広げる彼らは、良質な《魔晶石》を産出する 『工房』 を賭けて、ある学園を舞台に《魔法戦争（ブラックアーツ）》を開始した。　《魔術師》の父を持ちながら魔術の才に恵まれず、また《魔術師》の世界を嫌い、日常に身を置いていた少年・三九郎（さんくろう）は、幼馴染みの少女・ねねこと共にその 『戦争』 に巻き込まれてしまう。かつての友や、本性を表した教師が敵に回る中、果たして生き残る道はあるのか？ そして何も知らない一般人のねねこを守り切ることが出来るか!?　野望と陰謀に満ちた、学園魔法バトルロイヤルが幕を開ける!!

辛くも前回《魔法戦争（ブラックアーツ）》を生き抜いた三九郎たちの前に、美しい女性が現れた。名は蜜月蕩乃。先の戦争で共闘した呉葉の所属する工房《M・W（マーチラビット・ワークショップ）》の長だ。彼女は父・団慶亡き後の工房運営に支障をきたしていた三九郎へ協力するかわりに、子を作らせてほしい（！）という驚愕の交渉を持ちかける。果たして三九郎の判断は？　彼を慕うねねこと華夜は!?　そしてそんな波乱の日常の裏では、悪しき《魔術師（メイジ）》たちの新たな陰謀が再び蠢き始め……!!

三九郎の『伏桜製作所』と蕩乃の率いる『マーチラビット・ワークショップ』の同盟は、他の工房に大きな影響を与えた。夜楽を長とする『シャドウミドウ・ジャンクヤード』と最大派閥である『ギギリヤ重工』は事態を重く見て結託、三九郎たちへの宣戦布告を決意する。一方、雷火が所属する『桐之宮工廠』は静観を決め込む方針であったが、工房長・桐之宮新開が暗殺されたことにより、次期工房長を巡る内乱が発生。そこに２大勢力が介入し、くすぶっていた争いの火種は一気に地獄の業火と化した。果たして三九郎たちはこの戦争を勝ち抜けるのか――!?